1956年2月，中国科学院西北农业生物研究所正式成立，是中国科学院在西北地区建立的第一个研究机构，方向任务是“结合西北地区实际情况以黄河中游水土保持问题为中心，配合农业部门的研究力量，进行调查及总结民众经验，开展生物、农、林、牧、水等基本性和关键性问题的研究，为解决黄土区水土保持及增加农业生产提供科学依据”。　
1958年5月，经国务院批准所名改为“中国科学院西北生物土壤研究所”，方向任务调整为“以生物、土壤为重点，结合水土保持进行研究”。

1959年4月，研究所“西安植物园”正式成立。

1964年7月，中国科学院西北生物土壤研究所改名为中国科学院西北水土保持生物土壤研究所，方向任务为“以黄河中游水土保持科学研究为中心任务，主要研究解决水土流失严重地区的农、林、牧、田间工程等水土保持措施、土壤侵蚀规律、水土保持综合治理和土地合理利用及农业增产等有关问题，同时根据西北地区农业生产选举法土保持的需要和原有工作基础，继续开展植物分类、土壤地理、土壤胶体化学和作物远缘杂交等工作”。

1979年10月，中国科学院西北水土保持生物土壤研究所更名为“中国科学院西北水土保持研究所”，方向任务为“面向黄土高原，以水土保持为中心任务，开展水土流失规律预测预报和防治途径、土壤及土地资源的评价的合理利用、植被恢复的理论与技术、旱作农业增产体系和依据等方面的研究，为黄土高原农林牧综合发展和根治黄河服务。”

1987年，由中国科学院和水利部双重领导，更名为“中国科学院水利部西北水土保持研究所”，方向任务“仍以黄土高原区域为重点，以水土保持任务为中心，为改善黄土高原生态环境，加速农林牧综合发展和黄河治理服务。同时考虑到我国水土流失非常严重，西北水土保持研究所可适当兼顾其他地区的水土保持科研任务”。

1995年，经国家科委批准更名为“中国科学院水利部水土保持研究所”。

1998年，被中国科学院确定为知识创新工程第一批试点单位。

1999年，中国科学院水利部水土保持研究所与杨凌其它6个科研教学单位共同组成“西北农林科技大学”。

2001年，中国科学院与教育部联合共建“水土保持与生态环境研究中心”。

根据2016年3月研究所官网显示，研究所有职工220人，其中中国科学院和中国工程院院士各1人，国际欧亚科学院院士1名，国家杰出青年科学基金获得者1人，百千万人才入选者5人，百人计画入选者10人，正高级职称50人。

中国科学院院士：朱显谟

中国工程院院士：山侖

国际欧亚科学院院士：唐克丽

国家杰出青年科学基金获得者：邵明安

百千万人才入选者：刘国彬、上官周平、吴普特、王全九、郑粉莉

百人计画入选者：何洪鸣、袁志友、陈应龙、陈新平、杜盛、雷廷武 、李占斌、邵明安、谭文峰、王全九

根据2016年3月研究所官网显示，研究所有6个研究单元，1个国家重点实验室，1个国家工程技术研究中心，1个水利部工程技术研究中心，3个研究室，4个野外台站。

国家重点实验室：黄土高原土壤侵蚀与旱地农业国家重点实验室

国家工程技术研究中心：国家节水灌溉杨凌工程技术研究中心

水利部工程技术研究中心：水利部水土保持生态工程技术研究中心

研究室：流域生态与管理研究室、区域水土保持与环境研究室、林草生态研究室

野外台站：安塞水土保持综合试验站、长武黄土高原农业生态试验站、固原生态试验站、神木侵蚀与环境试验站

根据2016年3月研究所官网显示，研究所图书馆馆藏文献总量21万册，其中图书11万册，科技期刊7万多册，（馆藏中、外文期刊1100多种），资料3万册。自建资料库3个，形成以土壤学、旱地农业、生态学、林业、节水农业、水土保持与荒漠化防治文献为特色的馆藏结构。1996年和2000 年分别荣获中国科学院文献情报工作优质服务集体奖。

2009年图书馆订购外文期刊14种，中文期刊208种；每年从其他图书馆文献传递500-700篇。

根据2016年3月研究所官网显示，建所至今，共取得科研成果550余项，其中获得国家科技进步成果奖13项、自然科学奖1项，省部级科技成果奖159项。

根据2016年3月研究所官网显示，中国科学院水利部水土保持研究所部分在研项目如下表所示：

《水土保持学报》创刊于1987年，中国科学院主管，中国土壤学会和中国科学院水利部水土保持研究所共同主办。《水土保持学报》收录情况：为中国自然科学核心期刊和中文核心期刊、中国科技核心期刊。现被英国的《国际农业与生物科学研究中心：网路版（Center for Agriculture and Bioscience International）》和《大英国协农业局文摘》（CAB）收录。国内被《中国科学引文资料库》、《中国科技论文统计与分析》、《中国学术期刊综合评价资料库》、《中国学术期刊全文资料库》作为来源期刊，同时被《中国期刊全文资料库》、《中国学术期刊（盘版）》、《中国期刊网》、《中国核心期刊资料库》、《中国农业资源环境文摘》、《中国生物学文摘》、《中国林业文摘》、《中国地质文摘》、《中国地理科学文摘》、《环境科学文摘》、《中国学术期刊文摘（中文版、英文版）》等权威性文摘和资料库收录。

水土保持学报

根据中国科技信息研究所《中国科技期刊引证报告》统计，期刊最高影响因子为1.709，在全国9000多个刊物中名列第12，在全国水土保持类期刊中名列第1，在陕西省160多种科技期刊中名列第1， 在全国100多种农业类期刊中名列第1。

水土保持通报

《水土保持学报》获奖情况：2005年荣获国家期刊界最高奖项“国家期刊奖（提名奖）”，近几年连续被中国科技信息研究所评为《百种杰出学术期刊》； 2001年入选《中国期刊方阵》；2000年获中国科学院优秀期刊三等奖；1999年被评为陕西省十佳期刊和陕西省优秀期刊一等奖。

《水土保持通报》创刊于1981年，双月刊， 中文版，属环境科学学科。主管单位为中国科学院，由中国科学院水利部水土保持研究所和水利部水土保持监测中心联合主办。为《中国科技论文统计源期刊》，《中国科学引文资料库来源期刊》，《中国知识资源总库·科技精品期刊库》，《中文核心期刊要目总览》，《中国期刊精品荟萃》以及日本《科学技术文献速报（JICST）》等收编。

水土保持研究

《水土保持研究》创刊于1985年，双月刊，中文版，属地球科学类期刊，主管单位为中国科学院，由中国科学院水利部水土保持研究所主办。为《中国科技论文统计源期刊》，《中国科学引文资料库统计源期刊》，《中文核心期刊要目总览》等收编。

经国务院学位委员会批准，1981年4月水保所正式成为硕士学位授予单位，获準土壤学硕士授予权。1986年获準生态学硕士授予权，1990年获得水土保持学硕士学位授予权。1998年国务院学位委员会将“水土保持学”名称调整为“水土保持与荒漠化防治”。1986年获得土壤学博士学位授予权，1998年与陕西师範大学合作申请并获得批准自然地理学博士学位授权点，水保所每年在此点招收不超过2名博士研究生。2003年获生态学博士学位授权点。1999年经人事部、全国博士后管委会批准，同意水保所设立“农业资源利用”一级学科博士后科研流动站。

博士后科研流动站：农业资源利用

一级学科博士学位授予权点：土壤学、生态学、水土保持与荒漠化防治

一级学科硕士学位授予权点：土壤学、生态学、水土保持与荒漠化防治

中国科学院学部委员虞宏正研究员于1961年接收中国农业科学院西北农业科学研究所（后更名为陕西省农业科学院）保送研究生1名。因当时研究生培养工作尚不规範，该生为被授予学生。1965年，朱显谟研究员招收一名土壤侵蚀研究生，录取通知尚未发出，因“文化大革命”开始而中断。1978年国家恢复研究生招生制度，1980年水保所恢复研究生招生，1981年招生5名，其中土壤侵蚀、土壤地理专业各2名，防护林专业1名。

根据2016年3月研究所官网显示，研究生指导教师由最初的2人增加到2012年的69人（其中，硕士研究生导师32名，博士生导师37名）。研究生年招生规模由1981的5人增加到2012年的50人，有在读研究生165名。

中国科学院水利部水土保持研究所标识如右图所示：

释义：中国科学院水利部水土保持研究所于2002年11月正式确定了所标识。所标识採用的图形取自于中国古代文字“水”及“川”的原型，又与水保所创新广场上雕塑的外观相吻合，体现“水土保持、山川秀美”的学科含义。使用蓝色一方面与中国科学院院徽整体色调相一致，代表科技的进步；一方面也体现水保所在高科技时代“提示自然规律，再造山川秀美”的工作宗旨和长远目标。

所风：团结、敬业、求实、创新

黄土精神 ：厚重朴实、协力攻关、求实创新、无私奉献