中国科学院大学南京学院由中科院南京分院牵头承办，中科院南京土壤研究所、南京地理与湖泊研究所、南京地质古生物研究所、国家天文台南京天文光学技术研究所和中科院院属科研院所在宁分支研发机构等单位联合承办，为国科大直属二级学院，同时也是地方高等教育体系的重要组成部分，接受江苏省教育厅的归口管理和指导。

国科大南京学院选址位于麒麟高新区内的中科院南京麒麟科学园，与中科院南京分院麒麟科技园项目一体建设、融合发展，力争至2020年，建成包括综合教学、图书情报、学术交流、教育管理、学生配套、创新创业等功能齐全的一流校园。

2018年2月25日，中国科学院大学与南京市政府举行合作协定签约仪式，确定在麒麟高新区共建“中国科学院大学南京学院”。

国科大南京学院将遵循国科大“科教融合、育人为本、协同创新、服务国家”的办学理念，围绕国家、省、市重大战略需求，以中科院在宁科研院所资源与环境、地球科学、现代农业、天文与空间等优势学科为基础，依託中科院其他科研院所在宁分支研发机构着力培育人工智慧、信息技术等学科方向，建设一个多学科交叉融合、具有国际影响力的科教融合学院，通过人才培养带动学科建设、科学研究和技术转移，成为独具特色、国内知名的高层次人才培养基地、科技创新基地和人才集聚高地，助推南京市建设创新名城。