中国边疆研究所坚持基础研究与套用研究并重的方针，主要研究方向是：以中国近代边界研究、中国古代疆域研究和中国边疆研究史三大研究系列为内容，重点研究中国近代边界变迁，中国统一多民族国家形成和发展的规律，历史上治边政策的经验教训，以及中国边疆研究的历史遗产。同时对当代中国边疆地区热点问题、重点问题进行对策性和预测性研究。

中国边疆研究所下设东北与北部边疆研究室、西北边疆研究室、西南边疆与海疆研究室、疆域理论研究室、编辑部、网路资料室、综合处（下设科研处）7个部门。现有人员32人，其中专业技术人员29人，管理人员3人；在职人员中7人具有正高级职称，9人具有副高级职称，13人具有中级职称。　

继1996、1999年成立“中国边疆历史与社会研究云南工作站”、“中国边疆历史与社会东北工作站”之后，又先后成立了“中国边疆历史与社会研究新疆工作站”、“中国边疆历史与社会研究广西工作站”。在我院直接领导下，成立了“中国历史文化信息中心”、“新疆发展研究中心”、“东北边疆国情调研基地”，均由边疆中心进行日常管理。这些新的科研组织形式，为加速学科建设和发展、为促进利用社会力量开展学术研究、为扩大中国边疆研究所在该学科的优势地位发挥了积极作用。

中国社会科学院研究生院中国边疆历史繫于2003年成立，现有博士生导师4人、硕士生导师5人。2005年中国边疆历史系正式列入研究生院招生计画，至2009年共招收三批硕士研究生。2009年经研究生院批准，中国边疆历史系获得“中国边疆史地”自主设定学科专业的博士学位授予权，2010年正式开始招收博士研究生。

博士研究生方向有中国边疆学理论、中国疆域史、中国海疆历史与现状、周边国际环境与中国边疆等。硕士研究生方向有中国海疆史、西北边疆史、北部边疆史、汉唐边疆史、近代西藏史等。开设的专业课程主要有：中国边疆学通论、中国边疆经略史、中国海疆史通论、中国历史地理概论、历代治理边疆政策研究等。

中国边疆研究所主办的《中国边疆史地研究》（季刊）是我国边疆史地研究的重要学术园地。“中国边疆研究所网站”及“中国边疆网”为本学科研究提供了资源共享的网路平台。 通过近30年的科研实践，大量科研成果陆续面世，从而对中国边疆史地学科的建设发挥了积极的推动作用，使中国边疆史地研究的学术框架更加丰满，并使我们保持了在中国边疆史地学术研究上的领先地位，为中国边疆学的构筑奠定了良好的基础。