这类翼龙以牙齿髮育，鼻孔与眶前孔分隔，枕髁朝向后方，无联合背椎，尾巴通常很长（蛙嘴龙科例外），翼掌骨短，后肢第五趾发达等特徵与翼手龙亚目相区分。喙嘴龙亚目主要包括喙嘴龙科（Rhamphorhynchidae）、蛙嘴龙科（Anurognathidae）、双形齿翼龙科（Dimorphodontidae）和真双形齿翼龙科（Eudimorphodontidae）等，其中以喙嘴龙科的化石属种最多且分布最广。中国已记述的喙嘴龙亚目的属共有4个，即：中侏罗世的狭鼻翼龙（Angustinaripterus）、翼手喙龙（Pterorhychus）、热河翼龙（Jeholopterus），以及晚侏罗世或早白垩世的树翼龙（Dendrorhynchoides）。