根据卫生部（1986）卫地字第11号档案《关于建立中国地方病防治研究中心的通知》和1987年9月黑编（1987）132号档案规定，中国地方病防治研究中心按厅级事业单位管理。隶属黑龙江省卫生厅领导，由哈尔滨医科大学代管。1993年5月黑编（1993）72号档案规定，同意中国地方病防治研究中心增挂黑龙江省地方病防治研究中心牌子，原机构规格不变。1996年10月黑编（1996）194号档案规定，同意中国地方病防治研究中心改变隶属关係，改由哈尔滨医科大学领导。

2002年1月18日，卫生部下发卫人发[2002]21号档案和2002年5月黑编（2002）77号档案规定，中国地方病防治研究中心更名为中国疾病预防控制中心地方病控制中心。更名后，机构规格、编制数额、经费渠道均不变。业务上受卫生部和中国疾病预防控制中心直接领导。

中心设有克山病防治研究所、大骨节病防治研究所、碘缺乏病防治研究所、地氟病防治研究所和《中国地方病学杂誌》编辑部，卫生部重点实验室1个、博士后流动站2个、博士点2个。现有工程院院士1人，职工总数129人,正高职25人,副高职34人，中级34人，初级22人，工勤人员14人。

地病中心现任领导班子成员，党委书记哈尔滨医科大学校长杨宝峰（兼），主任、党委副书记孙殿军，副主任徐秀玉，副主任周晋，主任助理申红梅。

地病中心的地方病防治研究工作取得了重大进展,在国内外首次提出了克山病营养性生物地球化学病因学说；揭示了大骨节病病因与T-2毒素的关係；在世界上首次详细描述了大骨节病的空间分布和时间分布；在国内外率先成功複製出接近人类发病特徵的大鼠克汀病动物模型；长江三峡燃煤污染型氟中毒病区防治措施研究获国家科技进步二等奖；系统地研究了饮茶型氟中毒的流行特徵、发病机制及除氟方法，制订了国内外首部砖茶氟含量卫生标準；克山病、大骨节病、地氟病近20年的全国监测获得了大量调查资料和科研数据，为国家制定有关地方病的政策法规、防治规划与防治策略提供了重要的科学依据；全国5次大规模的碘缺乏病监测,为我国制定碘缺乏病可持续性消除机制提供了基础数据。在2004年启动的中央补助地方公共卫生专项资金地方病防治项目实施过程中,地病中心发挥了重要的技术指导作用。2007年地病中心又牵头组织了全国10个省份的碘缺乏病高危地区重点调查项目，对重新审视我国碘缺乏病的防治进程和调整防治策略具有重要意义。近年来，地病中心还加强了健康教育和信息系统建设，製作了各种健康教育科普片和宣传材料；建立了地方病年报统计、重点监测和中央补助地方公共卫生专项资金地方病防治项目的资料库，这些技术举措极大地提高了我国地方病防治工作的功效。

由卫生部主管、中华医学会和哈尔滨医科大学地病中心主办的《中国地方病学杂誌》是中国自然科学核心期刊、中国生物医学核心期刊、中国科技核心期刊、预防医学卫生学类中文核心期刊。被美国《化学文摘》（CA）、《俄罗斯文摘》(AJ）、荷兰《医学文摘》（EM）和美国《剑桥科学文摘》（环境科学与污染管理，CSA：ESPM）收录。

地病中心共培养博士研究生72人，硕士研究生116人，研究生课程班3期，专升本1期， 大专班3期，专业证书班2期，地方病各种培训班51期。

地病中心自1987年以来，共完成国家和省部级课题及项目130项，获国家及省部级以上科研成果奖30项；发表专着13册，发表论文1000余篇；开展了广泛的学术交流与国际合作,先后同美国、瑞典、加拿大、澳大利亚、日本、俄罗斯等国家和地区的10余所疾病预防与科研机构建立了良好的学术交流与合作关係。