2009年5月控烟办公室在合併慢病中心控烟室和机关慢病处控烟人员的基础上成立，内设综合办/项目办、政策、监测、干预等四个部门。

1、协助卫生部和履约协调机制，推进中国的履约和控烟工作；

2、为相关部门制定菸草控制相关的法律、法规、规章、政策、标準和规划等提供科学依据和政策谘询；

3、协助卫生部建立全国菸草控制工作网路，开展菸草控制专业人员能力建设；

4、协助相关部门实施国家菸草控制工作计画，参与评估实施效果；配合履约协调机制和卫生部，组织建立菸草流行综合监测、干预和评估体系；

5、协助管理、实施和评估菸草控制的国内、国际合作项目及相关交流活动。

1、协助卫生部和履约协调机制，推进中国的履约和控烟工作；

2、为相关部门制定菸草控制相关的法律、法规、规章、政策、标準和规划等提供科学依据和政策谘询；

3、协助卫生部建立全国菸草控制工作网路，开展菸草控制专业人员能力建设；

4、协助相关部门实施国家菸草控制工作计画，参与评估实施效果；配合履约协调机制和卫生部，组织建立菸草流行综合监测、干预和评估体系；

5、协助管理、实施和评估菸草控制的国内、国际合作项目及相关交流活动。

2016年4月28日，中国疾控中心控烟办肖琳在新探健康发展研究中心“室内禁菸无例外”的媒体交流会上表示，我国应该全面履行国际《菸草控制框架公约》的要求，在室内公共场所、室内工作场所、公共运输工具和必要的室外场所全面禁止吸菸。

肖琳表示，2015上报国务院的《公共场所控制吸菸条例》(送审稿)明确了公共场所是指公众可以进出或者使用的场所、工作期间使用的场所、公共运输工具。并规定室内公共场所全面禁止吸菸，这是和WHO《菸草控制框架公约》相符合的。