20世纪80年代，中国制定了“国家高技术发展计画”（即“863”计画），将生物技术列为优先发展领域之一。

1993年6月，为推动中国生物技术及产业发展，由中国科学院生命科学与生物技术局翁延年教授、孟广震教授，中国生物技术发展中心徐成满教授，中国科学技术促进发展研究中心周永春教授，中国科学院文献情报中心“生物工程进展编辑部（现名称为《中国生物工程杂誌》编辑部）”张树庸教授共同发起成立了“中国生物工程学会筹备小组”，并联合中国科学院、原中华人民共和国国家科学技术委员会、中国医学科学院、中国农业科学院等单位，经中国科学技术协会批准、中华人民共和国民政部登记，在北京召开了中国生物工程学会成立大会暨第一次会员代表大会，宣布“中国生物工程学会”正式成立。

1997年9月，中国生物工程学会第二次全国会员代表大会在湖南省张家界市召开。

2000年10月，中国生物工程学会加入中国科学技术协会。

2001年6月，中国生物工程学会第三次全国会员代表大会在北京召开。

中国生物工程学会第六次全国会员代表大会暨第九届学术年会

2005年7月，中国生物工程学会在天津召开第四次代表大会暨学术研讨会。

2008年2月26日，中国生物工程学会与国际农业生物技术套用服务组织建立了生物技术信息交流与合作关係，共同推动农业生物技术信息与知识共享，併合作成立了“ISAAA中国生物技术信息中心”。

2010年12月，由中国生物工程学会主办、南京工业大学承办的中国生物工程学会第五次全国会员代表大会在南京紫金山庄召开。

2015年11月，由中国生物工程学会主办，上海市生物工程学会、华东理工大学承办的中国生物工程学会第六次全国会员代表大会暨第九届学术年会在上海举行。

中国生物工程学会的最高权力机构是全国会员代表大会，全国会员代表大会的职权是：

一、制定和修改章程；

二、选举和罢免理事；

三、审议理事会的工作报告和财务报告；

四、制定和修改会费标準；

五、决定终止事宜；

六、决定其他重大事宜。

理事会是全国会员代表大会的执行机构，在全国会员代表大会闭会期间领导学会开展日常工作，对全国会员代表大会负责。理事会的职权是：

一、执行全国会员代表大会的决议；

二、选举和罢免理事长、副理事长、秘书长、常务理事；

三、筹备召开全国会员代表大会；

四、向全国会员代表大会报告工作和财务状况；

五、决定会员的除名；

六、决定办事机构、分支机构、代表机构和实体机构的设立、变更和注销；

七、决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任；

八、领导学会各机构开展工作；

九、制定重要的内部管理制度和规定；

十、决定其他重大事项。

据2018年8月中国生物工程学会官网显示，学会下设14个专业委员会，7个工作委员会。

中国生物工程学会的会员包括个人会员和单位会员。个人会员分为普通会员、学生会员、终身会员、荣誉会员和通讯会员。

申请加入学会的会员，必须具备下列条件：

一、拥护学会章程；

二、有加入学会的意愿；

三、在学会的学科领域内具有一定的影响；

四、普通会员：具备中级以上（含中级）专业技术职务，从事生物工程工作的科技人员、管理人员或从事生物工程工作，虽无中级以上职称但有一定贡献者；

五、学生会员：注册在读的生物工程及相关专业的大学本科生或研究生可申请成为学生会员，学生会员在毕业后如仍从事生物工程及相关专业工作，经申请可转为普通会员，享有相应的权利；

六、终身会员：符合普通会员条件，缴纳10年会费者；

七、荣誉会员：对国家生物工程事业或对学会做出突出贡献者；

八、通讯会员：香港、澳门、台湾地区的生物工程研究人员，以及学术上有较高成就，对中国友好，愿与学会交往与合作的外籍生物工程专家；

九、单位会员：具有一定数量的科技人员，具备一定生物工程研究开发能力的科研、教学、生产等企事业单位和社会团体。

一、提交入会申请书，其中普通会员须由两名会员或本人所在单位推荐，荣誉会员须由三位理事推荐，通讯会员须由两名会员推荐；

二、经理事会或常务理事会讨论通过，外籍会员须报中国科学技术协会备案；

三、由学会理事会授权学会办公室发给会员证。

会员退会应书面通知学会办公室，并交回所发会员证。会员不含荣誉会员、终身会员、如果一年以上不缴纳会费或3年不参加学会活动的，视为自动退会。会员如有严重违反学会章程的行为，经理事会或常务理事会表决通过，予以除名。会员触犯法律，自动取消会籍。

一、学会的选举权、被选举权和表决权（不含学生会员、荣誉会员、通讯会员）；

二、优先参加学会的活动；

三、对学会工作的批评权、建议权和监督权；

四、优先获得学会的各种服务；

五、优先在学会主办的刊物上发表论文，优惠或免费获得学会通讯和有关资料；

《中国生物工程杂誌》创刊于1976年，是中国生物工程学会会刊，由中国生物技术发展中心和中国科学院文献情报中心主办，是报导中国生物技术研究开发的重要成果和中国国内外生物工程研究与产业化进展的大型专业核心学术刊物。

《生物产业技术》是由化学工业出版社与中国生物工程学会共同主办的杂誌，该刊主要宣传中国国家相关产业政策，发布相关技术、生产、市场、产品等信息。

《生物加工过程》被《中国科技核心期刊》、《科学引文资料库》（SCD）、《中国学术期刊综合评价资料库》、《中国期刊全文资料库》、《中国生物学文摘》、RCCSE中国核心学术期刊（A）、《万方数据资源系统数位化期刊》、台湾华艺思博网、美国《生物学文摘（预评）》（BP，BIOSIS Previews）、美国《化学文摘（网路版）》（CA）、英国《国际农业与生物科学研究中心》（CABI）、美国《剑桥科学文摘》（CSA）、波兰《哥白尼索引》（IC，Index of Copernicus）、美国《乌利希期刊指南（网路版）》（Ulrichsweb）等资料库收录。

2017年10月，由中国生物工程学会和中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心主办了 “微生物组研究及数据分析专题培训班”，培训共有45名学员参加，培训採用理论和实际案例分析相结合的教学形式，使学员在短时间内对微生物组学研究中涉及的知识和方法以及在工作中的套用得到提升。

“微生物组研究及数据分析专题培训班“

为帮助生命科学研究与生物技术套用领域的专业人员系统掌握蛋白质分离纯化工具，了解相关的政策规定，指导和强化解决蛋白质分离纯化实践中具体问题的能力，中国生物工程杂誌社（中国生物工程学会、中国生物技术发展中心、中国科学院文献情报中心主办）自2006年起在北京、上海、深圳等地连续举办了蛋白质分离纯化技术研讨班。

蛋白质分离纯化专题研讨班的内容经过了多位专家的反覆提炼，吸纳了往届参会代表的意见反馈和研发及产业工作中的实际需求，培训课程涵盖了蛋白质样品製备、纯化策略、过程最佳化，相关的产品规定、政策解读以及技术经济分析等内容。

中国生物工程学会是以学会英文名缩写字母CSBT和抽象几何线条图案组成。

中国生物工程学会宗旨：遵守宪法、法律、法规和中国国家政策，遵守社会道德风尚，崇尚科学，以人为本，尊重知识，尊重人才，尊重劳动，尊重创造，团结全中国从事生物工程研究开发、生产经营、科研管理、教学普及和情报出版等各方面的科技人员，致力于推进生物工程学术交流与产业发展，加速研究成果向生产转移，促进中国的经济和社会发展，为中国社会主义物质文明和精神文明建设服务。