电子流穿过晶体时也将发生衍射作用，因此可形成衍射衬度。如透射电子波与衍射波相互干涉，将产生相位衬度，这种图像仅在薄晶样品的条件下才能观察到。电子束轰击样品表面所反射的二次电子，经收集、放大、成像，即成为二次电子图像——扫描形貌像。矿物的电镜分析包括扫描电镜和透射电镜的研究，除给出扫描形貌像外，还有透射形貌像(质厚衬像)、衍衬像、相位衬度像(晶格像)等，因而能提供有关矿物形貌、结构方面的信息。电子显微镜已广泛用于研究矿物形貌与环境的关係以及矿物的显微结构(出溶、相变、双晶、晶体缺陷等)，因此也可用来研究矿物在加热、冷却过程中的变化，从这个意义上说，电子显微镜可成为地质温度计和压力计。高分辨电子显微技术可直接观测晶体的结构，揭示长程无序、短程有序及多型结构的本质，因此，将成为矿物电镜研究中的重要发展方向之一。