高研院秉承“学术为本、追求卓越”的学术理念，确立“根据中国、走向世界”的学术定位，坚持“问题导向、跨学科研究”的研究路径，追求“扎根复旦、辐射上海、影响中国、走向世界”的建院之道，努力以我们基于中国立场和视角对全球化时代世界秩序的理论建构走向世界，以我们对当下中国问题的跨学科深度研究走向世界，同时推动中国优秀的哲学文化传统走向世界。

高研院突出“国际化、跨学科”的特色，努力以国际化跨学科的学术研究、国际化跨学科的学术期刊、国际化跨学科的学术讲坛、国际化跨学科的学术会议等提升中国社会科学国际学术对话水平，建成非西方国家最重要的社会科学学术重镇之一。

高研院邀请国际着名学者安东尼·吉登斯教授和伊曼纽尔·沃勒斯坦教授担任名誉院长，聘请秦绍德教授、刘遵义教授、张仲礼教授、汤一介教授、朱维铮教授和Gudmund Hemes教授担任学术顾问，设立了由约瑟夫·拉兹、乌尔里希·贝克、哈维·C·曼斯菲尔德、托马斯·鲍格、马歇尔·萨林斯、许倬云、吴敬琏、张维迎、汪晖、周其仁等海内外着名学者组成的学术委员会，并聘请林毅夫教授担任学术委员会名誉主席。

高研院设有专职研究人员，同时採用以名誉教授、特聘讲座教授、学术委员、特聘研究员、双聘教授、兼职教授和“学术工作坊”（work-shop）等建制“借用外脑”的团队建设模式。

高研院附设“复旦大学当代中国研究中心”（Fudan University Contemporary China Research Center，abbrev.CCRC-Fudan）。该中心将以复旦大学人文社会科学各个相关院係为平台，以“国际化”、“跨学科”为特色，以“重新发现中国”和“推进对当代中国的深度研究”为学术理念，以高研院和UCLA亚洲研究所、比利时布鲁塞尔当代中国研究中心和纽西兰当代中国研究中心等国外着名中国研究学术机构为核心，以其他国际着名中国研究机构为网路，建成中国社会科学走向世界的国际平台和国际当代中国问题研究的交流、沟通、协调与合作平台。

高研院设有“世界社会科学高级论坛”和“中国深度研究高级讲坛”等两大常规性、品牌性学术讲坛。定期主办“未来世界论坛”和“重新发现中国论坛”等两大主题性国际学术会议。设有“社会科学暑期高级讲习班”和“社会科学暑期高级学术翻译班”（与UCLA亚洲研究所合办）。设有面向长三角和全国青年学者的“通业青年讲坛”。面向全国设定年度主题性的“中国深度研究”学术工作坊。同时，开展“学术午餐会”、“小南湖跨学科读书会”、“慧园鉴赏会”等学术活动。

高研院设有《中国社会科学辑刊》编辑部，负责出版院刊《中国社会科学辑刊》（原名为《中国社会科学季刊》）、《当代中国研究》（半年刊）、《复旦政治哲学评论》（半年刊）和《西方法律哲学家研究年刊》等学术期刊。高研院编辑出版《中国深度研究高级讲坛讲演录》、《世界社会科学高级讲坛讲演录》、《当代中国发展论丛》（英文丛书）、《重新发现中国文丛》、《知识与法律》、《中国法律哲学临界丛书》等系列丛书；与耶鲁全球化研究中心、复旦大学新闻学院共同主办“耶鲁全球线上复旦版”[Yale Global Online(Fudan Edition)]；协助复旦大学编辑综合性人文社科英文季刊Fudan Journal of the Humanities and Social Sciences。

高研院积极拓展海外学术交流与合作项目，目前已与德国耶拿大学、哈佛燕京学社、耶鲁全球化研究中心、UCLA亚洲研究所、纽西兰当代中国研究中心、联合国大学UNU-CRIS项目中心、美利坚大学亚洲研究中心、美国丹佛大学美中合作中心和旧金山州立大学美中政策研究中心等十余所机构建立了学术合作关係。