高台教的组织结构既模仿西方政体的三权分立，其中央机构包括八卦台（立法机构）、九重台(行政机构)和协天台（司法机构）3个平等的机构。

高台教内神职人员的品级系模仿天主教的教阶制度，同样有神父（Giáo Hữu ）、主教（Giáo Sư）、大主教（Phối Sư）、红衣主教（Ðầu Sư）、监察枢机主教（Chưởng Pháp）等头衔，最高头衔同样也是教宗(Giáo Tông)或教皇（Giáo Hoàng）。大主教有36名；主教有72名。

高台教强调男女平等，男女都可以担任红衣主教。唯一的区别是女性不可能升到教皇。因为阴不可统治阳。

1972年，该教还创办了高台大学院。

高台教内部也包括许多派别，主要的有仙天派、西宁派、前江.派、后江.派等。

1945年日本战败后，高台教开始投身政治活动，并拥有一支二万五千人的军队。从1945年到1955年的十年间，成为越南南方的一股重要军事与政治势力。1956年初，吴廷琰政府开始他的统一南方的行动，先是扫平了正兴区平川派的黎文远（七远）势力，接着又派杨文明（大明）镇压了和好教，和好教教主郑明世阵亡，副教主黎光荣解甲归田。这时高台教的教主范公稷已经年老体衰，副教主阮成芳转而宣誓效忠吴廷琰政府，放下武器，得以在内阁中任一闲职。1963年吴廷琰在军事政变中死后，高台教势力又得到恢复，组织了自己的政党，在南方政府中有自己的代表。在1975年南北统一后的越南国会选举中，它获得了4个席位。但是和所有宗教一样，高台教也受到了严密的监视。