中国水产科学研究院南海水产研究所成立于1953年3月。

1957年，南海水产研究所图书馆建立。

20世纪70年代末期，渔业生物病害防治研究室开始创建。

1979年，中国水产科学研究院南海水产研究所热带水产研究开发中心创建。

1985年，依託中国水产科学研究院南海水产研究所，农业部南海区渔业生态环境监测中心成立。

1997年12月，在中国水产科学研究院南海水产研究所的基础上筹建农业部渔业环境及水产品质量监督检验测试中心（广州），2002年11月通过国家计量认证和农业部审查认可首次评审，2003年2月26日正式获得批准（中华人民共和国农业部公告第250号）并正式成立。

2002年9月，经广东省科技厅批准，依託中国水产科学研究院南海水产研究所建设广东省渔业生态环境重点实验室。

2003年，南海水产研究所网路中心成立。

2009年，南海水产研究所被农业部认定为“国家水产品加工技术研发中心”。

2010年9月，国家人社部批准成立中国水产科学研究院南海水产研究所博士后科研工作站。

2015年，海洋牧场技术重点实验室研究团队被评为全国农业科研杰出创新团队。

2017年9月，广东省海洋休闲渔业工程技术研究中心依託中国水产科学研究院南海水产研究所建立。

截至2018年1月，研究所共有在职人员310名，其中，高级研究人员104名，国家级和省、部级有突出贡献专家10名，享受政府特殊津贴专家24名，中国水产科学研究院首席科学家2名。

国家级有突出贡献的中青年专家称号：蒙钊美、曹家录

农业部有突出贡献的中青年专家：贾晓平、李卓佳、区又君、林钦、钟振如、余勉余、曾炳光、何国民

中国水产科学研究院首席科学家：贾晓平、郭根喜

截至2018年1月，研究所拥有国家级技术研发中心1个、农业部重点实验室2个、农业部质量安全风险评估实验室1个、农业部野外台站1个、农业部研究中心3个、农业部生态环境监测中心1个、农业部质量监督检验测试中心1个、农业部创新基地1个、人力资源与社会保障部职业技能鉴定站1个、广东省重点实验室1个、广东省工程技术研究中心4个、中国水产科学研究院重点实验室2个、中国水产科学研究院工程技术研究中心2个、中国水产科学研究院功能实验室12个，设有所属研究室7个、所属科技支持机构8个、所属科技企业3个，全国水产标準化技术委员会渔业资源分技术委员会、广东省水产标準化技术委员会挂靠在研究所。

研究所风貌

国家级技术研发中心：国家水产品加工技术研发中心

农业部重点实验室：农业部南海渔业资源开发利用重点实验室、农业部水产品加工重点实验室农业部外海渔业开发重点实验室

农业部质量安全风险评估实验室：农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室（广州）

农业部野外台站：农业部南海渔业资源环境科学观测实验站

农业部研究中心：农业部南海区海水养殖病害防治研究中心、农业部斑节对虾遗传育种研究中心、农业部华南水产品加工与质量安全研究中心

农业部生态环境监测中心：农业部南海区渔业生态环境监测中心

农业部质量监督检验测试中心：农业部渔业环境及水产品质量监督检验测试中心（广州）

农业部创新基地：农业部南海水产育种创新基地

人力资源与社会保障部职业技能鉴定站：人力资源与社会保障部农业-164号特有工种职业技能鉴定站

广东省重点实验室：广东省渔业生态环境重点实验室

广东省工程技术研究中心：广东省水产品精深加工及副产物高效利用工程技术研究中心、广东省网箱工程技术研究中心、广东省海洋生物种业工程技术研究中心、广东省海洋休闲渔业工程技术研究中心

中国水产科学研究院重点实验室：中国水产科学研究院海洋牧场技术重点实验室、中国水产科学研究院水产种质资源与健康养殖重点开放实验室

中国水产科学研究院工程技术研究中心：中国水产科学研究院水产品加工及综合利用工程技术研究中心、中国水产科学研究院网箱工程技术研究中心

南锋号

中国水产科学研究院功能实验室：海洋环境生物监测技术功能实验室、渔业生境与湿地生态保护功能实验室、热带水产流行病防控功能实验室、珍珠贝基因资源发掘与利用功能实验室、水产品深加工与综合利用功能实验室、海洋牧场与资源增殖功能实验室、海洋珍稀动物保护功能实验室、热带水产种质资源与遗传育种功能实验室、海水池塘养殖生态调控功能实验室、南方浅海养殖生态调控与修复功能实验室、水产品安全利用与品质评价功能实验室、设施渔业装备工程技术功能实验室

所属研究室：渔业资源研究室、资源养护与海洋牧场研究室、渔业环境研究室、水产养殖与遗传育种研究室、渔业工程研究室、渔业生物病害防治研究室、食品工程与质量安全研究室

所属科技支持机构：渔业信息中心、南海渔业战略研究中心、调查船基地、深圳试验基地、热带水产研究开发中心（海南）、花都试验基地、珠海试验基地、北部湾海洋渔业研究中心（北海）

所属科技企业： 南海水产研究所科技服务公司、 欣海利生生物科技有限公司、海威水产科技有限公司

截至2018年1月，研究所新建了千吨级海洋渔业科学调查船“南锋”号、300吨级渔业资源调查船“南锋2”号。

截至2016年12月，研究所海洋渔业生物标本馆计有鱼类：4纲，37目，256科，738属，1223种；甲壳类：1纲，2目，17科，389属，561种；头足类：1纲，4目，24科，45属，89种；其他类别：9纲，35目，236科，897属，1405种；其中，鱼类、甲壳类新种模式标本25种。

标本馆收藏的标本主要以鱼类、甲壳类、头足类为主，此外还有藻类、珊瑚类、贝类、棘皮类、爬行类、鸟类、哺乳类等，收集海域範围东至台湾浅海，西至北部湾，南至西、南、中沙群岛，少部分为其他海域。既有潮间带、浅海、河口湾生物，也有深海大洋性种类。

截至2012年3月，图书馆基本馆藏纸质文献达6万多册、电子图书2万多册；拥有中外文全文网路资料库12个，包括中国知网、维普、万方、SpringerLink、ScienceDirect、Wiley、Annual Reviews、ProQuest等，以及ASFA（水科学渔业文摘和海洋文摘）、FSTA（食品科技文摘）、CABI（国际农业与生物科学研究中心）等6个文摘库。

截至2018年1月，研究所共承担3300多项国家级、省（部）级科研项目，取得1800多项科研成果，其中，获得国家级奖励16项，省、部级奖励280多项，突出成果有《四大家鱼工繁殖》、《大珠母贝人工育苗与插核珠技术》、《 “南海贻贝观察”体系的研究》、《广东省海岛水域海洋生物和渔业资源调查》、《鲻鱼人工繁殖与育苗技术研究》等。

2013-2017年，研究所承担包括国家自然科学基金、国家科技支撑计画、国家863计画等各类科研项目共1097 项，其中国家级项目72项、省部级项目851项；获得各级成果奖励52项次，其中省（部）级一等奖6项、二等奖9项。

《南方水产科学》创刊于2005年，主要报导渔业资源、捕捞技术、渔业设施、渔业环境保护、水产养殖与增殖、渔业生物病害、水产品加工与综合利用以及水产基础研究等方面的论文、研究简报、综述等。

南方水产科学

该刊2008年入选中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），2011年入选RCCSE中国核心学术期刊以及《中文核心期刊要目总览》2011年版，2013年入选中国科学引文资料库（CSCD），2009年以来先后被美国《化学文摘》（CA）、美国剑桥文摘（自然科学版）（CSA）、英国《动物学记录》（ZR）、英国《食品科技文摘》（FSTA）、英国《国际农业与生物科学研究中心》（CABI）、俄罗斯《文摘杂誌》和波兰《哥白尼索引》（IC）、DOAJ、JST等多家国际检索系统收录。

据2018年1月研究所官网显示，研究所拥有1个博士后科研工作站。

博士后科研工作站：中国水产科学研究院南海水产研究所博士后科研工作站

据2018年1月研究所官网显示，研究所与上海海洋大学、中国农业科学院、华南师範大学等联合培养研究生。

截至2018年1月，研究所拥有博士生导师6名、硕士生导师57名。2007年，新招硕士研究生24人，在所研究生65人，博士、硕士研究生毕业25人。

所徽上波浪线代表着大海，椭圆形和圆点构成了一只跃出海面的鱼。

所徽

发展方针：坚持产业导向，突出自主创新，加强推广套用，促进和谐发展

发展目标：一流院所、三个基地