1956年11月24日，在时任外交部常务副部长张闻天的提议下，经国务院批准成立中国科学院国际关係研究所。

1958年，“中国科学院国际关係研究所”更名为“国际关係研究所”，与中科院脱钩。

“文革”中，研究所被撤销。

1973年，为适应中美关係取得突破性进展后中国外交工作的需要，周恩来总理作了关于重建国研所的指示。重建的研究所名为“国际问题研究所”。

1979年，外交部明确规定研究所的方针任务为进行中长期、战略性和政策性研究；研究所应成为外交部进行战略性调研、重点国家基础调研和培养调研专业人才的基地。

1986年，研究所正式更名为“中国国际问题研究所”。

1998年，原国务院机构改革，原国务院国际问题研究中心併入中国国际问题研究所，挂靠在国际问题研究中心的“中国国际问题研究和学术交流基金会”同时挂靠在中国国际问题研究所，与中国太平洋经济合作全国委员会、亚太安全合作理事会中国委员会及后来的中国军控与裁军协会成为中国国际问题研究所的四个挂靠机构。

2014年6月，中央机构编制委员会办公室批准“中国国际问题研究所”更名为“中国国际问题研究院”。7月29日，举行了“所改院”更名仪式。

据2018年4月研究院官网显示，研究院设有7个研究所、4个挂靠机构。

研究所：美国研究所、亚太研究所、欧盟研究所、开发中国家研究所、欧亚研究所、国际战略研究所、世界经济与发展研究所

挂靠机构：中国太平洋经济合作全国委员会、亚太安全合作理事会中国委员会、中国国际问题研究和学术交流基金会及中国军控与裁军协会

据2018年4月研究院官网显示，从1992年起，研究院每年都有研究人员因贡献突出而享受国务院颁发的政府特殊津贴，共有49名研究人员享受政府特殊津贴，其中15名在职；研究院40%的研究人员具有高级职称。

据2018年4月研究院官网显示，研究院图书馆有中、英、法、俄、德、日、西共7个语种约25万册书籍及大量珍贵史料，馆藏範围涵盖政治、经济、军事、外交、国际法等学科。

据2018年4月研究院官网显示，研究院开通了OECD Online、Economist Intelligence Unit、The Economist、国务院发展研究中心信息网（巨观经济部分）、中国知网、East View's Universal Database platform (UDB)、Foreign Affairs、Foreign Policy、Oil & Gas Journal、OECD Economic Outlook、OECD Observer、中国外交部国家与地区资料、联合国条约集、斯德哥尔摩国际和平研究所资料库资源、联合国粮农组织资料库、牛津分析简报、国际货币基金组织国别信息报告、美国中央情报局世界手册、中东研究与信息项目、德克萨斯大学地图资料库等资源。

据2018年4月研究院官网显示，研究院每年承接国家社科基金、外交部及其他中央国家部委课题多项，自2002年实行所内课题制以来，已结项的所内课题达40多个；此外还与中国国内外其他学术单位开展合作研究项目。

《国际问题研究》创刊于1959年5月，双月刊，是国家社科基金资助期刊、中文核心期刊、中国人文社会科学核心期刊、中国人文社会科学引文资料库来源期刊、中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊、中国学术期刊网路出版总库（CAJD）全文收录期刊。2006年底创办《国际问题研究（英文版）》

院徽以蓝白构成的底色，中间以世界地图为图案，白色为陆地部分，蓝色为海洋部分。

方针任务：研究院主要对当前国际政治和世界经济等领域的重大问题进行中长期战略研究，亦对国际事务中重要的现实和热点问题做出及时分析，提出意见和建议，以供决策参考。