东南科技大学设有：电子工程系、电机工程系、资讯科技与通讯学系、机械工程系、营建科技系、机电科技学系、环境与安全卫生工程系、能源与冷冻空调工程系、工业工程与管理系、企业管理系、资讯管理系、环境管理系、流通管理系、套用英语系、休闲事业管理系、餐旅管理系、数位媒体设计系、室内设计系、创意产品设计系及四个研究所：工业管理研究、电机工程研究、营建科技与防灾研究、机械工程研究。