博士后基金特别资助工作从2008年开始启动，旨在对在站期间取得了重大自主创新研究成果和在研究能力方面表现突出的博士后给予资助。截至目前已累计开展特别资助工作4批，共资助博士后研究人员2800人，资助金额2.8亿。今年（2012年）第5批特别资助，财政部提高了资助标準，由原来的10万元/人调整为15万元/人，同时增加了100人的资助名额。