中国中医科学院中国医史文献研究所正式建立于1982年5月28日，隶属于中国中医科学院，上级主管单位为国家中医药管理局，2005年科技体制改革被纳入国家中医药科研创新体系，编制50人，是我国唯一的国家级医史文献研究机构。中国医史文献研究所设有所长办公室、科研教育办公室、医学史研究室、中医文献研究室、民族医学研究室、古籍数位化研究室、术语与工具书研究室、医药文物研究室（含中国医史博物馆）、《中华医史杂誌》编辑部；国家智慧财产权战略“中医智慧财产权保护与利用”研究专题工作办公室、国家中医药管理局中医非物质文化遗产保护工作委员会办公室、全国科学技术名词审定委员会中医药学名词审定委员会办公室、全国民族医药标準化技术委员会秘书处设在我所；同时，也是《中华医史杂誌》、中华医学会医史学分会、中华中医药学会文献分会、中华中医药学会中医药史分会、中国药学会药史专业委员会的挂靠单位。目前在岗人员42人，其中有高级职称的科研人员18名。藏书5万余册，文物1000余件等。