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就在“39号工程”启动在即，我华东野战军敌工部派出打入敌方内部、代号“猎鹰”的侦察员在执行任务时险些暴露，被敌特机关嗅到气味而陷入险境。与此同时，由唐子奇一手缔造的海之诗别动队头目徐安国星夜赶赴南京，这个名义上是国民党奉阴保密局组长的徐上校系军统资深骨干，此次他赴奉阴担当奉阴最高秘密警察长官，但是他和部下们仍由代号“影子奇”的唐子奇操控。他到后，唐子奇命他立即实施绝杀第25号密令。但是这项旨在肃清中共卧底“猎鹰”的绝密第25号行动实施前便已泄露，清一色身怀绝技的海之诗别动队女机要员与前来剿杀的特务们展开搏杀，除了死掉的人，剩余7人逃出奉阴。

为保护“猎鹰”，我华东野战军敌工部启动了“星火”特工，“星火”和未婚妻卢里雁深入奉阴，与我党地下人员为摸清25号密令及海之诗行动而进行了大量工作。同时徐安国的助手、代号“飞鱼”的钟镇国少校因为掩护海之诗别动队脱身而自我枪击被法医查出被打入死牢。卢里雁将这一情况通报海之诗别动队，别动队大姐邹静雯带队出击，救走了钟少校。但是，国民党的第25号密令虽未逮到“猎鹰”，而“星火”和卢里雁却暴露了，落入敌特的魔掌。

徐安国上校表面上是心狠手辣的军统骨干，但实际上他的真实身份是我党特工人员，他就是保密局处心积虑想要挖出但一直未能得逞的我军王牌特工“青鸟”，化名洪宇建。这位隐瞒历史长达15年之久的无名英雄是华东地下党重量级人物肖坚生前埋在戴笠身边的一颗铁钉子，他的任务就是不计时限的潜伏军统内部为我党我军提供敌方有价值的军事情报。时值淮海战役之际，代号“青鸟”的徐安国必须浮出水面了。当他準备会和地下党对会对我军构成致命威胁的“39号工程”进行摧毁打击时，代号“河流”的我党高级叛徒俞飞鸿被保密局带到奉阴，协助奉阴组清查“青鸟”。由于其曾经在肖坚的秘密据点见过“青鸟”且肖坚也曾和他提过有关“青鸟”的事，所以他的到来不但给奉阴地下党，更是给徐安国带来致命威胁。万幸的是，协助俞飞鸿进行清查的是徐安国的秘书上官佳慧中尉。她一直深爱着徐安国，且早已对国民党当局的黑暗失望透顶，早想弃暗投明，当她知道徐安国的身份后，立即稳住了俞飞鸿并冒着通共杀头的危险将情况紧急通知了徐安国的好友——奉阴警察局探长敖克（地下党员，青鸟身份唯一知情者），在敖克的协助下灭掉了这个叛徒。

“飞鱼”钟镇国一直把徐安国当成自己的兄长，当他随徐安国返家后得知了徐母和徐安国的哥哥遇难的详细经过后，当晚他就在当地镇上灭掉了害死徐母和徐安国的哥哥的兇手。当他发觉了徐安国的真实身份毅然表示愿意跟随徐安国投奔共产党。钟镇国投诚后，先随他解决了隐藏在身边的危机，后两人率领海之诗别动队举行起义，直接杀向唐子奇的老巢。唐子奇虽曾有怀疑，但是他做梦也没有想到自己最信任最得力的干将竟是共产党，徐安国在这里又和早已潜伏进来、代号“宝石”的地下党领导兰相和接上头，又给了唐子奇致命一击。这时，队员杨小莉出手制住他们，徐安国立马猜出了她的身份——梅花皇后。危急时刻，“猎鹰”果断出手将杨小莉击毙。原来她就是鲁小冉，她之所以隐蔽就是为了等待戴笠隐藏在海之诗别动队中的“梅花皇后”现身。此时唐子奇接到蒋经国的通报：美苏两国给国民政府发来敦促电报不得使用毒气和细菌武器和共产党作战，蒋介石集团为求得杜鲁门的谅解和史达林的支持取消了“39号工程”，唐子奇得知自己的心血付之东流万念俱灰，自杀身亡。这时，邹静雯也找到了自己的亲生父母，原来她是唐子奇夫妇在抗战当中走失的小女儿。在唐老夫人的帮助下，海之诗别动队捣毁了秘密基地，救出了身陷囹圄的“星火”李铭一和卢里雁，并与前来围捕的特务们展开搏杀。

在最后的战斗中，上官佳慧为救自己的爱人，用身体挡住了射向徐安国的子弹，倒在了徐安国的怀中，带着迟来的吻含着泪花闭上了双眼。徐安国双眼喷火，双手持着自己和上官佳慧的手枪向特务射出了复仇的子弹。在华东野战军司令粟裕将军派来的突击队的支援下，别动队将基地炸成废墟，全歼了围捕他们的特务，返回解放区準备参加新的战斗。