2012年，J2联赛成功扩军至22支球队，J2联赛和JFL联赛之间开始实行升降级制度，为早日实现达到100家J联赛职业俱乐部，J3联赛的创立已经势在必行。

2013年1月16日，时任J联赛理事中西大介向日刊体育透露，J3联赛的设立已经得到所有俱乐部的认可。

2013年2月26日，J联赛理事会正式确认J3联赛将从2014赛季开幕。

2013年7月16日，首届J3联赛确定将由12支球队组成，以三循环方式进行。

2013年11-12月，12支参赛球队全部确定，其中包括9支JFL球队、1支地区联赛球队、J联赛U22选拔队和J2・JFL升降级附加赛失利的鸟取强健组成。

2013年12月17日，J联赛理事会后正式发表联赛概要，首届J3联赛将于2014年3月9日开战。

（1）主场容量达到5000人以上（原则上仅包括坐席，但经过审查后符合安全标準的草地席也可计入容量中），暂时无法达标的如有改建切实计画也可通过此条件。

（2）至少3人以上的球员与球队签订职业契约

（3）组建U18、U15、U12三级梯队中的至少一级

（4）主教练必须拥有JFA公认S级教练资格

（5）俱乐部法人性质为J1・J2公益法人，若为股份有限公司也可承认特定非营利活动法人

注：

（1）讃岐釜玉海在J2・JFL升降级附加赛胜利，参加2014年J2联赛，失利的鸟取强健参加2014年J3联赛

（2）根据地域决胜大会结果，按照盛冈仙鹤→山口维新战斗精神→沼津天蓝的顺序进行审查，结果盛冈仙鹤直接升入J3联赛，而由于JFL球队不足，山口维新战斗精神、沼津天蓝两队升入JFL联赛（第四级）。

出现于2014、2015赛季J3联赛，初衷在于给与年轻球员在联赛中更多锻鍊的机会。但由于在每轮联赛前选拔、联赛后解散的特殊性质，难以保持球队稳定性和球员积极性，此方案仅在两个赛季的试行后便无疾而终。

2015年11月17日，J联赛理事会决定2016赛季起允许J1、J2球队的U23球队参加J3联赛，参加球队为以下标準：

（1）由各俱乐部所属球员中，在当年12月31日前未满23岁的球员组成，但每场允许有3+1（门将位置）的超龄球员参赛

（2）参加J3联赛的U23球队数目原则上不超过当年J3俱乐部数量的三分之一（以2016赛季13支J3球队为例，当年最多允许4支U23球队参赛）

（3）球队没有升入J2联赛的资格

2015年12月15日确定，FC东京、大阪樱花和大阪钢巴的U23队参加2016赛季J3联赛，此方案一直持续至今。

（1）主客场两回合制度，2018赛季17支球队共进行34轮联赛，每轮将有1支球队轮空

（2）上下半场 各进行45分钟，90分钟后若为同分不进行加时赛，判定平局。胜者3分，平局1分，负者0分。

（3）同分时名次决定顺序：净胜球→进球数→相互战绩→公平竞赛分→抽籤

（4）原则上J3冠亚军可直接升入下赛季J2联赛，但如果冠亚军球队没有取得下赛季J2联赛执照，则不进行资格递延，而是减少J2降级球队名额（例2017赛季J3联赛冠军秋田蓝色闪电无2018赛季J2联赛执照，则该赛季J2倒数第二名熊本深红保级成功）。若U23球队获得前两名，升级资格可以递延。

（5）J3联赛扩军完成前，不会有J3球队降入JFL。