信州长野县上田市人，出身于神官家庭，9岁时随父母移居东京。1928年庆应义塾大学文学部史学科毕业，同年前往台湾，就任于新成立的台北帝国大学文政学部史学科，担任土俗人种学讲座助手，跟随移川子之藏教授从事台湾原住民调查研究，共同奠立台湾大学考古人类学系的基础。

1940年升任讲师，翌年转任台湾总督府调查官，从事寺庙调查，曾阻止日本政府拆毁台南妈祖庙。1943年升任台北帝国大学南方人文研究所助教授。台湾光复后，台北帝国大学改制为国立台湾大学，获中华民国政府聘请留任以办理移交，并升任副教授，旋即改任教授。

1948年返回日本，历任东海大学教授、文学院长等要职。其间曾于1966年赴台湾担任台湾大学考古人类学系客座教授。1972年退休，1975年荣获名誉教授。1987年逝世，享年86岁。

宫本延人在台湾长达20年，曾发表过许多发掘遗址的调查报告。