清华版学位证书于2015年12月14日发布，是国务院学位委员会、教育部开放高校学位证书设计权后，清华大学自主设计的学位证书，这是30多年来我国高校第一次自行设计并印製学位证书。新版证书融合了清华学堂、日晷、大礼堂等清华大学标誌性符号，将于2016年1月启用。
清华版学位证书设计团队由清华大学美术学院教师和学生组成。证书分为证书、封套两部分，其中证书为设计主体，证书巧妙地将清华大学校名、校徽、校训、校风、校花、校色、校河、学堂、日晷、礼堂等核心文化符号融合在一起，既充分体现了清华风格，又兼顾美学之雅。
清华新版学位证书採用竖版A4大小，便于携带和複印。学士、硕士、博士学位证书的封套分别为紫色、墨绿色和红色。学位证书框线顶部配饰纹样取自清华标誌性建筑大礼堂，此纹样在礼堂正门上方、屋檐等处多次使用，取义“学生乃校之栋樑，学术乃校之基础”。
证书下方印有清华学堂图案，寓意为学位证书的获得源于勤奋学习。此外，“清华学堂”也与清华本科生录取通知书封面的“二校门”图案相互呼应，入学从二校门走入，毕业从清华学堂走出。
清华版学位证书不再使用国徽图案，改为清华校徽图案。证书正文由现版“依据《中华人民共和国学位条例》”授予学位改为“依据《清华大学章程》”授予学位，体现清华特色和清华标準。
清华版学位证书是《学位条例》自1981年实施以来，高校首次自行印製学位证书。