上海海事大学物流工程学院现由机械工程系、工业工程系、电气自动化系、中荷机电工程学院（中荷机电工程系）、机械工程设计研究所、电力传动与控制研究所和港口货柜技术发展研究所组成。现拥有电气工程博士后流动站，电力电子与电力传动、工业工程、物流装备安全工程3个博士点；机械设计与理论、机械电子工程、机械製造及其自动化、电力电子与电力传动、电力系统及其自动化、电机与电器、电工理论与新技术、控制理论与控制工程、工业工程9个硕士点。机械工程和电气工程、物流工程三个工程硕士点；机械设计製造及其自动化、机械电子工程、工业工程、物流工程、电气工程及其自动化、自动化、测控技术与仪器、机械电子工程（中荷合作）、电气工程与智慧型控制（中荷合作）等9个本科专业。可向海外招收留学生。机械设计製造及其自动化为国家特色专业，港口机械电子工程是上海市重点学科，港航电力传动与控制、电力电子与电力传动、机械设计及理论学科是上海市教委重点学科，物流工程专业、机械设计製造及自动化专业、电气工程及其自动化专业属上海市高校教育高地重点建设项目。

1958年，大连海运学院创办港口装卸组织及机械化专业。

1960年，上海海运学院创办船舶机械製造与修理专业。

1962年，交通部部属高校专业调整，大连海运学院港口装卸组织及机械化专业整体调至上海海运学院。上海海运学院船舶机械製造与修理专业调至武汉水运工程学院。

1963年，港口装卸工作组织及机械化专业併入水运技术管理专业。同年增设港口装卸机械专业，设“港口机械系”。

1965年，交通部部属高校专业调整，港口装卸机械专业调整到武汉水运工程学院。

1971年，恢复设定港口起重运输机械专业，设定“起重运输机械系”（简称“起运系”）。

1975年，起运系设定力学专业。

1977年，起运系港口机械设计与製造专业恢复招生。

1978年，起运系增设机械製图专业；轮机系增设船舶电气自动化专业。

1979年，起运系增设电子计算机计算技术专业。

1985年，起运系更名为“机械系”，港口机械设计与製造专业更名为“起重运输与工程机械”专业。计算机技术专业分出成立计算机科学系。

1988年，轮机电气工程系成立，下辖船舶电气管理专业，后更名为“电气自动化系”。

1992年，新增船舶通信导航专业，后成立“电子工程系”。

1995年，新增机械设计与製造专业。

1996年，机械系改名为“机械工程系”。

1997年，机械工程系、计算机科学系、电子工程系合併成立工学院。

2002年，电气自动化系由商船学院归入工学院。

2002年，创办工业设计专业。

2003年，工学院一分为二，成立物流工程学院，下设机械工程系、电气自动化系、工业工程系，计算机科学系、电子工程系划出成立信息工程学院。

2006年，成立中荷机电工程学院，设定机械电子工程和电气工程与智慧型控制两个本科专业。

2008年，工业设计专业分出，成立徐悲鸿艺术学院。

物流工程学院坚持学科建设以港航企业的技术创新为出发点，人才培养以港航企业的发展需要为目标的方针。学院拥有正教授23名，其中上海市名师2名，全国优秀教师1名，上海市劳动模範1名。学院与上海国际港务集团、振华重工、上海汽车集团、施耐德电气中国有限公司等许多着名企业有长期的产学研合作关係，与美国、新加坡、荷兰、日本、加拿大学、韩国等国外和香港着名高校有教学协作关係。物流工程学院贯彻以科研为重点、本科教学为中心、教学与科研并重的方针。物流工程学院以科研促教学，先后承担了国家科委、国家自然科学基金、上海自然科学基金及交通部等重大课题，获得了可喜的成果，在相应的学科领域里享有良好的声誉。今后将面向21世纪，以培养高科技複合型人才为出发点，加强与国内高等院校及企业的合作，积极开展国际性的学术交流活动。物流工程学院将以物流装备、物流信息化、物流自动化技术为特色，重点学科为依託，拓宽专业面，为国际国内输送高质量的工程技术和管理人才。物流工程学院以物流工程为特色，加强机电合一，以培养套用、複合型技术人才为目标，注重教学质量，毕业生受到用人单位的欢迎，毕业生就业率连年保持在96%以上。

电力电子与电力传动于2000年获博士点授予权，是上海市教委重点学科。现设有交通部航运技术与控制工程重点实验室、电力传动与控制研究所等研究机构，拥有博士生导师12名，外聘博导1名。有四个研究方向，形成了电力拖动与控制系统研究以港航运输设备的传动控制为主线，电力电子技术以新能源开发和电源变换为主线，智慧型信息与智慧型控制研究以港航系统状态监测、故障诊断与容错控制为主线，电力系统控制与最佳化研究以系统的稳定、控制、最佳化、调度及其智慧型技术方法与原理为主线的研究特色。

机械工程系在原船机系与港机系基础上建立的，其历史可追溯到1960年。1972年到1986年期间名为起重运输机械系，1987年改名为机械系，1996年改名为机械工程系。

机械工程系拥有机械设计与理论、机械电子工程、机械製造及其自动化三个硕士研究生专业，设有一个机械类（大类招生）本科专业，在二年级时分成机械设计製造及其自动化和机械电子工程（港口机械）两个专业，下设3个教研室、1个实验中心。港口机械电子工程为上海市重点学科。机械设计及理论2001年起被列为上海市教委重点学科。机械设计製造及其自动化专业属上海市高校教育高地重点建设项目，2008年被列为国家特色专业，2009年获得上海市教学成果一等奖。与上海振华重工（集团）股份有限公司等知名港航企业建立了校外实习基地。机械工程系已形成了较为成熟的学术阵地，在相应的学术领域里有较好声誉。在教学方面具有港航特色的较完整理论学习与工程训练体系，并取得不少教学成果。有2位“上海市教学名师，2个上海市精品课程及3个校级精品课程。机械工程系在港口装卸机械及工索具的设计研製、机械状态监测与故障诊断、机械CAD、雷射淬火、维修焊接技术、港机质量检测等方面均取得较好的科研成果，多次获得国家、交通部及上海市的科研成果与教学成果奖，每年有不少学术论文在国内外学术会议或学术刊物上发表，并与国内外学术界保持交流与往来。

电气自动化系原名电气工程系，成立于1988年。在1991年与轮机工程系合併为轮机与电气工程系。1995年4月，航海系和轮机与电气工程系组建成商船学院，撤消了系的机构。1999年2月在商船学院设定电气自动化系。2002年2月起电气自动化系归入工学院。2003年7月院系调整归入物流工程学院。

电气自动化系设有电气工程及其自动化、自动化和测控技术与仪器三个本科专业，电气工程及其自动化为上海市高校教育高地建设专业；拥有电气工程博士后流动站、电力电子与电力传动一个博士点、电气工程一级学科硕士点（设有电力电子与电力传动、电工理论与新技术和电机与电器二级学科硕士点）和控制理论与控制工程二级学科硕士点；港航电力传动与控制工程为上海市教委重点学科，学科以港口、船舶、航运与海洋电气工程为特色，着重于解决港航电气工程领域的人才培养需求、相关科学技术与学术问题的研究需求，加强科研学术活动，积极开展船舶系统仿真技术、船舶与港机电力传动与控制、新能源控制技术等方面的研究。近年来承接了多项国家教育部、国家科技部、交通部、上海市科委和教委的基金课题，以及企业委託的课题，科研经费充足，社会经济效益显着。本学科与法国、波兰等国家建立了长期国际合作关係，共同承担合作研究项目和开展学术交流。

工业工程系原与机械工程系同一建制，2002年独立成立工业工程系。工业工程系现有物流管理与工程博士研究生专业，工业工程、物流工程二个本科专业。设有“工业工程”和“物流工程”二个教研室、一个校内实训中心。物流工程专业属上海市高校教育高地重点建设项目。工业工程系拥有数字物流、基础工业工程、高架立体仓库、港口综合物流、三维虚拟仿真等多个实验室和实训室。该系自成立起就坚持校企合作工程实践教学，拥有上汽集团临港基地、上港集团SCT、上天津港务集团第二港埠有限公司、天津港物流发展有限公司等校外实习基地，用于安排专业课的实践教学、暑期实习和毕业设计实习，培养本专业学生的务实精神，增强实际动手能力，特别是分析複杂工程问题的思路和解决问题的能力，提高他们的就业竞争力。从2009级起，本专业于三年级下半年在汽集团临港基地安排20周的企业实习， 2011级起实施“卓越工程师”教育培养计画，2012级起在本专业选拔组成一个“现代工业工程实验班”与美国NEW HAVEN大学合作实施“2+2”教育模式。

经教育部2006年批准，上海海事大学与荷兰泽兰德大学（Hogeschool Zeeland）合作举办机械电子工程专业和电气工程与智慧型控制专业两个本科教育项目。中荷机电工程学院是上海海事大学承办这两个中荷合作本科专业的二级学院。2010年5月设立中荷机电工程系。荷兰泽兰德大学是荷兰公立的套用科学大学，以工科和商科专业见长，设24个学士学位专业和4个硕士学位专业，在荷兰乃至整个欧洲拥有良好的声誉。中荷合作的这两个本科专业由上海海事大学和泽兰德大学共同制定教学计画，两校的教师共同授课，基本採用国外教材。在完成前5个学期的培养计画后可到泽兰德大学进行后3个学期的学习。