中国科学院套用真菌研究所组建于1956年12月，它的前身是中国科学院植物所真菌植物病理研究室。该室组建于1953年1月，它是由前中央研究院和北平研究院的两个植物研究所的真菌部分合併而成。

1956年，根据国家的远景科学规划，中科院决定将原真菌植物病理研究室扩建，并于56年10月迁址到中关村，12月3日正式下文成立中国科学院套用真菌研究所。

1953年2月中国科学院接管了原属于重工业部的黄海化学工业研究社发酵研究室（方心芳任研究员兼副社长），并将其併入菌保会。

1957年8月，北京微生物研究室成立，方心芳任研究员、副主任。微生物研究室是在中国科学院菌种保藏委员会（菌保会）的基础上建立起来的。

1955年10月6日中科院生物学地学部向院常务会议提出“建立微生物研究所筹备委员会的意见”。院务会议同意成立筹备委员会，该委员会由戴芳澜、方心芳等12位科学家组成，戴芳澜任组长。

中国科学院微生物研究所

1956年1月16日陈毅副总理对相关报告批示：“拟予同意”，并送刘少奇、陈云和邓小平圈阅。

1958年9月26日，经院第11次院务会议通过并经科学技术委员会批准成立中国科学院微生物研究所。

1958年12月3日中国科学院发文（院厅秘字第454号），“兹经院第十一次院常务会议通过并经科学技术委员会批准套用真菌研究所和北京微生物研究室合併成立微生物研究所，由戴芳澜任所长，邓叔群、林一夫、方心芳任副所长。”

在文化大革命的十年中（1966—1976），中国科学院微生物研究所艰难地度过了动乱的岁月。

1978年10月，中国科学院微生物研究所所走上了改革开放之路。

1985年，中国科学院微生物研究所的“中国科学院真菌地衣系统学开放研究实验室”通过了国内同行专家评审，首批向国内外开放。

1991年3月，中国科学院微生物研究所科技人员开始在市场经济中求生存、谋发展。冲击在计画经济体制下形成的一些传统管理模式。

1993年，中国科学院微生物研究所根据中国科学院“进行综合配套改革”的部署，改革工作从单项改革步入到综合配套、全面系统改革的新阶段。

2001年1月8月，中国科学院微生物研究所整体进入中科院创新工程试点序列。

2007年，中国科学院微生物研究所的大部分从中关村迁至朝阳区中国科学院奥运村生命科学园区。

据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所正式职工514人（含项目聘用），其中正高级专业技术职务79人，副高级专业技术职务105人，中级专业技术职务221人，初级专业技术职务62人，平均年龄39.1岁。共有研究组72个，其中青年研究组9个；研究组长中，近三分之二具有海外留学经历。

在职职工中，科研人员为331人，其中68%具有博士学位；技术支撑人员119人，其中29%具有博士学位，管理人员43人，其中47%具有研究生学历。微生物所另有派遣人员60人，劳务用工人员199人。

据2016年4月研究所官网显示，微生物所的科学研究体系由五个研究室组成，国家重点实验室3个，院重点实验室2个。此外还设有微生物资源中心、微生物基因组学联合研究中心、极端微生物研究中心、能源与工业生物技术中心、微生物代谢工程研究中心、环境生物技术中心、农业生物技术中心、分子病毒中心和分子免疫中心。

国家重点实验室（3个）：微生物资源前期开发国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建）、真菌学国家重点实验室

中国科学院重点实验室（2个）：中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室

据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所图书馆始藏有真菌和细菌分类、植物病毒、微生物生态、微生物代谢、酶学、微生物遗传、发酵等专业图书2万多册，期刊近1000种，共3万多册，是中国微生物学书刊馆藏最多、品种较齐全的图书馆。有中、外文全文电子期刊均超过了9500种、中文电子图书达8万多种、外文电子图书逾2万种、中文学位论文70多万篇、外文学位论文20多万篇。

据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所与浙江海正集团共建生物药物联合实验室、与浙江银象生物工程有限公司共建联合实验室等11家企业建立各种联合实验室和联合中心；在湖北省八峰药化股份有限公司，北京中科亚生物技术发展有限公司等12家公司投资参股；与湖北与深蓝有限公司合作开发灵芝和推广、与山东金长城集团成立合资公司等多种形式进行技术转化。 每年与企业合作的横向合作经费1000万以上。

1998年-2008年中国科学院微生物研究所：1. 承担项目284项，总契约经费82942万，其中2001年至2008年进入二期创新试点工程以来承担项目266 项，契约经费79728万，九五期间（1996年至2000年）为3213万；2. 申请专利179项，其中2001年至2008年申请了169项。；3．发表SCI论文829篇，其中2001年至2008年共发表SCI论文722篇；4. 出版42部，约占我所共出版专着112部的40%；5．获省部级以上奖18项，其中国家奖5项，建所以来共获省部级以上奖172项。

中国科学院微生物研究所

2017年1月5日，阿维菌素的微生物高效合成及其生物製造荣获科学技术进步奖二等奖。

中国科学院微生物研究所主办的学术刊物有4种，分别是《微生物学报》、《生物工程学报》、《菌物学报》、《微生物学通报》。

《微生物学报》是基础性、高科技学术刊物，是以微生物学基础研究和套用基础研究以及高技术创新为主的综合性学术刊物，反映微生物学研究领域中最新成果，促进国内外学术交流。

微生物学报

《微生物学报》是中国微生物学领域综合性学报级期刊和中国自然科学核心期刊。被国内外一些着名的文摘刊物和资料库收录，是中国最早被世界最大医学文献资料库“MEDLARS”作为医学主题词标引的五个中文期刊之一，发行和交换到40多个国家和地区。

《生物工程学报》（月刊）是由中国科学院微生物研究所和中国微生物学会主办的, 国内外公开发行的学术期刊。主要报导动物、植物、微生物以及医学等生物工程相关领域的新发展、新成果和新技术。栏目包括：综述、动物及兽医生物技术、海洋生物技术、环境生物技术、工业生物技术、农业生物技术、食品生物技术、系统生物技术、医学与免疫生物技术、组织工程与细胞培养、生物技术与方法、科学进展/名家论坛等。期刊影响因子、显示度等一直列国内生物类期刊前列。

生物工程学报

《菌物学报》（英文刊名Mycosystema）的前身为《真菌学报》，1982年创刊，由中国菌物学会主办，是中国菌物学（真菌、粘菌、卵菌）领域的专门学术期刊，报导该领域的最新研究进展和具创造性或较高学术水平的论文和简报。

菌物学报

该刊是国际菌物学界信赖的刊物之一，也是中国自然科学核心期刊。已被国际国内着名重要资料库和检索期刊收录，促进了国内外学术交流，主要包括Index Copernicus；CA （美国“化学文摘”）； Abstracts of Mycology （美国“菌物学文摘”）；Index of Fungi (英国“菌物索引”)；Review of Plant Pathology（英国“植物病理学文摘”）；Bibliography of Systematic Mycology（英国“系统菌物学文献目录”）；Bibliographie der Pflanzenschutz literature（德国“植物保护文献目录”）；中国科技信息研究所资料库（CJCR）；中科院文献情报中心《中国科学引文资料库》（CSCI）；《中国学术期刊文摘》；《中国农业文摘》；《中国生物学文摘》；北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》。

《微生物学通报》1974年创刊，是中国微生物学会和中国科学院微生物研究所主办， 国内外公开发行，以微生物学套用基础研究及高新技术创新、套用为主的综合性学术期刊。刊登内容包括：基础微生物学研究；农业微生物学研究；工业微生物学研究；医学微生物学研究；食品微生物学研究；环境微生物学研究；微生物功能基因组研究；微生物蛋白组学研究；微生物模式菌株研究；微生物工程与药物研究；微生物技术成果产业化及微生物教学研究改革等。

中国科学院微生物研究所

该刊为中国生物科学类核心期刊。曾获国家级优秀科技期刊三等奖，中国科学院优秀科技期刊三等奖，北京优秀科技期刊奖，2000年再获中国科学院优秀期刊三等奖，2001年被选入新闻出版署设立的“中国期刊方阵”并被列为“双效”期刊。

据2016年3月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所是国务院批准的首批具有博士、硕士授予权的科研单位，自1978年恢复研究生招生制度至今，共培养研究生近千名。中国科学院微生物研究所设有3个二级学科，并设有博士后流动站；新增1个专业学位硕士培养点。

博士学位培养点（3个，二级学科）：微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学

硕士学位培养点（3个，二级学科）：微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学

专业学位硕士培养点（1个，二级学科）：生物工程

博士后流动站：微生物学

据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所共有在学研究生513人，在站博士后57人。

该标识结构严谨、稳重大气。体现微生物所探索永无止境，不断发展超越的精神。

微生物所VI

标识整体以方圆结构为造型，外圆与中国科学院院徽外形相同，突出微生物所隶属于中国科学院，六边形代表该所属于中科院六个学部之一的生物学部。
以DNA双螺旋加底座，巧妙构成显微镜的图案，体现该所的基本学科特点，强调微生物研究已进入分子水平。“1958”示意该所的成立时间，“C·A·S”为中国科学院的英文缩写。
深蓝色代表高科技，也象徵该所在生物科技领域勇于攀登、开拓前进的完整理念。

务实、求真、团结、攀登

所长：刘双江

党委书记、副所长、纪委书记：李俊雄

副所长：东秀珠

副所长：李彦

第一任所长：戴芳澜 院士（1958-1967）

第二任所长：薛禹谷 研究员（1978-1985）

第三任所长：宋大康 研究员（1985-1991）

第四任所长：周培瑾 研究员（1991-1995）

第五任所长：孟广震 研究员（1995-1999）

第六任所长：方荣祥 院士（1999-2004）

第七任所长：高福 研究员（2004-2008）

第八任所长：黄力研究员（2008-2013）