《食品安全国家标準工作程式手册》共五个部分，内容包括营养与特殊膳食标準制（修）订的技术原则、食品相关产品标準制（修）订的技术原则、理化检验方法标準制（修）订的技术原则、农产品及食品中农药最大残留限量制定指南、农产品及食品中农药残留风险评估套用指南、用于农药最大残留限量标準制定的作物分类等。