下设11个职能处室：党委办公室（组织人事处）、综合秘书处、政策法规处、计画财务处、贷款管理处、归集管理处、审计稽核处、信息管理处、技术开发处、事务受理办公室、网站管理办公室。下设11个区（县）管理部：市区、宝山区、嘉定区、浦东新区、青浦区、闵行区、南汇区、松江区、奉贤区、金山区、崇明县。

上海市公积金管理中心主要职责：

1 、贯彻执行有关住房公积金管理的法规、规章和政策；结合本市实际，拟订住房公积金具体管理办法和措施，经市住房公积金管理委员会审议通过后实施。

2 、编制住房公积金的归集、使用计画，经市住房公积金管理委员会批准后组织执行；编制住房公积金归集、使用计画执行情况的报告。

3 、负责记载职工住房公积金的缴存、提取、使用等情况，建立职工住房公积金个人明细账，向职工发放缴存住房公积金的有效凭证。

4、 编制住房公积金的预算、决算，经市财政局审核，报市住房公积金管理委员会审议后组织执行。

5 、负责住房公积金的统一核算；负责住房公积金的保值、增值和归还，提出住房公积金增值收益分配方案，经市财政局审核，报市住房公积金管理委员会审议后执行；申请并办理住房公积金呆坏帐的核销。

6 、负责住房公积金的归集；经市住房公积金管理委员会批准，审核、办理单位降低住房公积金缴存比例或者缓缴的申请；审批住房公积金的提取和个人住房公积金贷款的发放。

7 、提出本市住房公积金的具体缴存比例，经市住房公积金管理委员会审议后，报市政府批准，并负责组织实施缴存比例和基数的调整。

8 、对区县公积金中心、受託银行的住房公积金委託业务进行指导、监督和考核。

9 、拟定住房公积金年度财务报告，报市住房公积金管理委员会审议通过后，向社会公布。

10 、监督单位住房公积金的建立、缴存情况，对违反住房公积金管理规定的行为实施行政处罚。

11 、负责住房专项维修资金、住房补贴等房改资金的管理。

12 、承办市人民政府以及市住房公积金管理委员会决定的其他事项。