当时初建的护国寺环境清幽、规模宏大，建有观音殿、文殊殿、地藏殿、钟鼓楼等。清康熙年间，为振兴儒学，朝廷大兴佛法，知州冀靖远顺应时代要求，花巨资重修。至民国年间，护国寺曾一度僧人云集、晨钟暮鼓、香火鼎盛，为雁门关外众多寺院之首。但是在随后的数十年中，中国处在水深火热之中，人们亦饱受战乱之苦，护国寺也几经战乱逐渐走向萧条。

新中国成立后，寺院虽艰难的度过了“文革”这场大劫难，但是寺院却一直被食品公司等单位占用，规模不似建寺之初，仅存五间观音殿。

2005年，释法程法师来到这里，见寺凋零，倍感痛心，决定重新修建护国寺，在此宣扬佛法、弘法利生。他身先士卒，以爱国爱教、普度众生、构建和谐社会为己任，积极奔走呼吁，得到了当地政府部门的大力支持和全市信众的热心布施与社会各界人士的大力捐赠，护国寺才得以全新的面貌矗立在中华大地之上。

2009年10月21日，隆重举行了寺院落成典礼暨佛像开光典礼。