1907年德国医生埃里希·宝隆在上海创办了“德文医学堂”至今已逾百年历史，曾经培养出裘法祖院士、吴孟超院士等一代着名医学家，并被誉为“医生的摇篮”。

1908年，“德文医学堂”改名为“同济德文医学堂”。

1912年与创办不久的同济德文工学堂合称同济德文医工学堂（原校址现为上海理工大学）。

1912年，医正科三级学生张近枢、何理中、江逢治3人，按照德国大学医科考试规则参加学堂的第一次毕业考试，均顺利通过，如期毕业。他们是同济历史上的第一届毕业生。

1917年由华人接办，先后改称为同济医工学校和私立同济医工专门学校。

1924年5月20日北洋政府教育部下达第120号训令，批准同济医科为大学。从此以后，5月20日定为校庆日。

1927年8月，由南京国民政府教育部正式接管，命名为国立同济大学，原医、工两科分别更名为医学院、工学院。

20世纪50年代，在全国高等学校院系布局调整中，同济大学医学院整体迁往武汉，使得同济大学在较长时间没有医学专业。1955年8月，中南同济医学院更名为武汉医学院。1985年7月，武汉医学院又改名同济医科大学。现为华中科技大学同济医学院。但同济人的医学情结至深，一直为再开医学专业作不懈的努力。

2000年4月，与原上海铁道大学合併，在原上海铁道大学医学院（成立于1958年）的基础上成立了“同济大学医学院”，成为同济大学重点建设的学科。短短十余载，临床医学作为同济大学的重点建设和发展学科，取得了令人瞩目的成就。2001年，医学院设立临床医学七年制专业。2002年，同济大学列入"985工程"重点建设高校。2003年，为提高医学教育质量，学校投入大量资金用于专业建设，投资亿元的医学大楼在校本部建成，积极改善办学条件。2005年，医学院开始在长学制学生中实施本科阶段导师制。2006年，医学院启动医学生创新能力培养计画。2007年，迎接教育部本科教学水平评估，评价优秀。2009年，医学与生命科学实验教学楼投入使用。并相继建立医学模拟教学中心和临床技能考试中心，组建标準化病人队伍用于学生技能训练。学院全面推进教学改革，提高教学质量。2010年，获得临床医学博士专业学位授予权。医学院着手设计临床医学专业“5+3”人才培养模式；在卓越工程师教育计画的带动下，在校内通过“试点班”的形式启动“卓越医师培养计画”，探索拔尖创新人才培养模式。同年，医学院在各个附属医院建设“转化医学研究中心”，为创新人才培养搭建平台。2010年起，医学院充分利用同济大学国际合作平台，与欧美多所大学的医学院建立稳定的合作关係拓展了国际合作培养医学生的资源。每年20-30%的医学生有海外临床实习和科研实习的机会；与美国联合培养MD/PhD,与英国联合培养MD/Msc，联合培养PhD。2011年，获得临床医学一级学科博士授予权，及生物医学工程一级学科博士授予权。2012年，医学院全面启动临床医学五年制、七年制专业课程改革举措。国家级临床综合实训中心建设项目教育部立项。获得进行“拔尖创新医学人才培养模式改革试点”，“五年制临床医学人才培养模式改革试点”。

目前，同济大学医学院设有基础医学院、预防医学院（筹）和五个附属医院：附属同济医院、附属第十人民医院、附属东方医院、附属肺科医院及附属第一妇婴保健院，主要开展临床医学专业的本科生（包括五年制、七年制和八年制）和研究生培养，授予学士、硕士和博士学位。医学院以培养全面、人道的医学生为目的，遵循“以人为本”的思想， 秉承精英化医学教育的理念，充分利用同济大学学科门类齐全，教学设施完备，理工文法实力雄厚的特点，利用长期对外合作办学的优势，通过开展“名师上讲台”、加强学生创新能力培养等方式，力求培养出融知识、能力、人格为一体的文、理、医相结合的人才。

医学院拥有世界卫生组织命名的“WHO围产保健合作中心”；拥有两个上海市重点学科（胸外科重点学科和护理学科重点学科）、三个上海市重点专科（心力衰竭诊治重点专科、口腔种植修复重点专科和创伤骨科重点专科）；中医心脑血管和视觉复明（与外院共建）两个上海市临床医学中心；拥有上海市产前诊断中心和上海市早产儿医疗护理中心；拥有上海市结核（肺）重点实验室。近年来，通过大力引进和培养人才、营造科研氛围，学科建设有了突破性的发展，在《SCIENCE》等国际学术刊物上发表了重要学术论文，获得了包括国家科技进步二等奖、教育部自然科学一等奖、上海市科技进步奖、上海市医学科技奖等在内的一批科研成果。

依据同济大学“知识、能力、人格”三位一体的培养目标，医学院把建立教学质量保障和持续改进体系、突出临床实践技能和人文服务精神的教学特色、注重大学生创新能力培养和国际化合作教育作为贯穿医学院教育思想观念的主线。

在同济大学“本科教学质量保证体系”的框架下，参考和汲取现代质量管理的内涵和技术，医学院逐渐建立了具有医学教育特点的质量保障和持续改进体系，并且在逐步细化相应的质量标準。医学教育质量保障和持续改进体系把质量管理的理念和技术用于教学工作的过程（环节）管理、目标管理；用于师资队伍建设、青年教师培养，教学管理制度和岗位职责、课程体系建设和课程质量最佳化、教学质量督导和监控等方面。

医学教育的关键是培养能够服务于社会、掌握临床实践技能、能够体恤患者病痛、具有人文服务技能的有用人才。医学院在教育思想观念上统一认识，明确了临床实践技能和人文服务精神的教学特色，制订了严格的临床见习与实习的管理制度，定期组织见习和实习带教教师的培训，建立了以临床操作技能为内容的“医学院临床模拟教学中心”；建立了以客观化多站式考试（OSCE）和标準化病例（SP）为特点的临床实践技能考核体系；增加了医学人文教育实践和对现代精神卫生问题识别和处理能力的培训，增加了医患沟通技巧培训。

医学院具有良好的大学生创新能力培养基础。医学院已经接连举办了12届旨在鼓励学生动手参与各种科研活动的“大学生学术节”；举办了以指导学生髮现并解决临床问题为目的的“青稞节”。这两项活动为提高大学生的科研能力和培养创新精神提供了平台，也取得了一定的成果，每次活动学生们都发表了众多论文。医学院还设立了“大学生创新能力培养基金”，从组织管理、经费支持、课程设定等方面全面推进学生创新实践工作；在长学制学生中设立了导师制，为大学生参加基础科学研究和临床科学研究提供了途径。

同济大学作为国家对外开展科技和文化交流的重要视窗，一直致力于通过国际交流合作来提升学科综合实力，并取得了良好效果，尤其是对德国、法国合作在社会和学术各界具有广泛的影响。医学院提高教学和人才培养水平的重要举措就是要依託同济大学的对外合作优势，开拓国际化人才培养途经，分别与德国和法国有关大学建立了交换学生项目，互派大学生进行临床阶段的培训，通过有效的组织管理，使国际合作教育成为医学人才培养的特色之一，也成为医学院教育思想观念中重要的内涵。