由内到外，内圈3个花坛由左到右（顺时针方向走），种植有三白草科、蓼科、苋科等植物；中圈从右到左（逆时针方向走），即走完内圈后直接走中圈，中圈有8个花坛，种植了毛茛科、蔷薇科、豆科、伞形科等科属植物；外圈从左到右（顺时针走），有5个花坛，种植了唇形科、茄科、菊科等植物。芳草园中种植药物100多种，按照科属顺序排列，便于教学。有可作菜蔬的鱼腥草、马齿苋、芥菜、荠菜、蔊菜、泽兰、车前草、白花败酱、蒲公英、马兰、牛蒡等；有可作茶饮的枸杞、决明、菊花、野菊花、旋复花、丹参、薄荷、夏枯草、马鞭草、藿香、菘蓝（根叫板蓝根、叶叫大青叶）、柴胡、桔梗、青蒿、玄参等；有可作调料或香料的芝麻、小茴香、罗勒、紫苏、白芥等；有可作人参伪品的商陆、桔梗、土人参，和可作冬虫夏草伪品的植物泽兰；有常用于熨灸和端午节悬于中堂，插于门楣以辟邪的艾；也有据传华佗用于外科手术而发明的麻沸散中的药物——有毒的曼陀罗。

芳草园以她合理的布局和美丽的花草和丰富的内涵正吸引着一批批游客前来观光。在不下雨的天气里，每天清晨和下午你都可以看到在这里或练太极，或闲逛，或观赏，或学习，或游览的学子、老师和远道而来的游客。下午放学后，你常可以看到在这里种植、移栽、除草等维护百草园的护绿队，他们是来自上海中医药大学不同专业的学生。