船舶代理人根据货柜班轮公司和货柜营运人的要求，负责码头和场站货柜的跟蹤，盘存和管理工作，办理货柜进出口报关、报验、查询、调运、发放、起租、退租、转租、检验、修理、清洗、熏蒸、卫检以及箱管费收等工作，并按代理协定的规定，向委託人提供有关货柜跟蹤管理的信息报告。

船舶代理人应遵守有关法律和规章的规定，对货柜进行各项管理工作。

1.进口货柜管理业务

船舶代理人在船舶卸毕后1个工作日内向船公司或委託人发卸船报或输入有关电脑系统；根据货柜载货清单和理货机构的卸货记录核对进口货柜的箱数和箱号；代船公司或委託人办理进口货柜的箱体报关手续；办理放箱手续。

进口货柜的发放、交接应根据提货单(交货记录)等档案内列明的货柜交接条款，实施《货柜设备交接单》制度。从事货柜业务的单位必须凭货柜管理人签发的设备交接单办理进口货柜及货柜设备的提还箱、出场进场手续；对货柜的超期使用或租用或货柜及货柜设备的灭失和损坏应支付超期使用费、租箱费和承担赔偿责任。

货柜及货柜设备的灭失和损坏应支付超期使用费、租箱费和承担赔偿责任。

货柜运输中使用的货柜大多由货柜班轮承运人提供(这种箱子称为COC)。但是，有时託运人也会提供自己所有的货柜来装载货物，这种由託运人提供的货柜称为货主自备箱(SOC)。对于SOC，承运人在交付货物时，应将货物连同货柜一起交付给收货人c但并非在货柜载货清单上记载有x赠字样的货柜都应交付给货主，如果货柜属某个货柜营运人所有，那幺对于货柜班轮公司而言，箱子就是SOC，但箱子却不属于货主，所以若货柜营运人委託货柜代理人代办箱务管理工作，则代理人同样应按规定做好管箱工作。

2.出口货柜管理工作

船舶代理人根据用箱单位的要求和船公司或委託人的规定或指示，办理货柜空箱发放调运和报关手续；根据货柜预配清单，办理放箱手续；按货主要求提前通知有关方做好冷藏箱装箱前的预检和预冷；根据船公司的管理要求正确放箱，并监督货方正确用箱，如有误用，可以强行指令用箱人在装船前倒箱或採取处理措施。船舶装毕后1个工作日内向船公司或委託方发装船报或输入其指定的有关电脑系统。

出口货柜的发放、交接应根据出口订舱单或出口货柜预配清单等档案内列明的货柜交接条款，实施《货柜设备交接单》制度，以明确货柜代理人，用箱人以及货柜堆场互相的责任、权利和义务。

3.其他货柜管理业务

船舶代理人对进口货柜拼箱货，应催促码头货运站及时拆箱，加速货、箱周转；备妥适：货空箱供出口装货使用；联繫破损货柜的修理；安排污箱和装载危险货物货柜的清洗；承办货柜检验、查询、盘存和跟蹤、租赁等业务；收取货柜超期使用费。