水路运输企业营运费用是水路运输企业在一定时期内，为经营营运业务所发生的全部支出。在营运费用中，既包括为进行运输、装卸、堆存、船舶及机械维修而发生，并构成营运成本的运输装卸支出，也包括与运输装卸支出结合发生，但不应计入营运成本的非运输装卸支出，如通讯站对外服务支出、辅助生产对专项工程或对外提供劳务支出、装卸机械进行装卸作业以外的劳务支出、运输船舶出租支出等。
非运输装卸支出应採用一定标準 (如按天数、工时、吨公里或计画结算价格) 计算，从营运费用中扣除，以正确计算运输装卸成本。营运费用按其经济性质可划分为外购材料、外购燃料、外购动力、工资、提取的职工福利基金、固定资产折旧费、提取的大修理基金、养河费、港口费、利息支出、其他支出等项费用要素。水路运输企业设定“营业支出”、“内部结算支出”(内河运输企业专用)、“港口管理支出” (港口专用)、“生产支出” (所属独立核算的工业单位专用)、“待摊及预提费用”、“专项工程支出”等帐户，组织营运费用核算，以反映营运费用的增减变动情况。