货柜附加费是海运运费的组成部分，不论按哪一种费率和计算标準收费，货柜运输有时都要加收各种附加费。货柜附加费包括以整箱货和拼箱货分别计收的附加费：

(1)货物附加费(Cargo Additional)

某些货物，如钢管之类的超长货物、超重货物、需洗舱(箱)的液体货等，由于它们的运输难度较大或运输费用增高，因而对此类货物要增收货物附加费。当然，对于货柜运输来讲，计收对象、方法和标準有所不同。例如对超长、超重货物加收的超长、超重、超大件附加费(Long Length Additional、Heavy-lift Additional)只对由货柜货运站装箱的拼箱货收取，其费率标準与计收办法与普通班轮相同。如果採用CFS/CY条款，则对超长、超重、超大件附加费减半计收。

(2)币值附加费(Currency Adjustment Factor，CAF)

币值附加费指因某一挂靠港所在国货币币值与美元相比升值，为补偿船舶港口使用费而徵收的附加费。由于日币与美元比值变化较大，船公司还可能单独徵收日币币值附加费。

(3)燃油附加费(Bunker Adjustment Factor，BAF)

燃油附加费是因国际市场上燃油价格上涨而徵收的附加费。货柜分别按拼箱货和整箱货不同计算标準徵收。如整箱货以20ft或40ft一个箱子加收若干元。

(4)变更卸港附加费(Alteration of Discharging Port Additional)

变更目的港仅适用于整箱货，并按箱计收变更目的港附加费。

(5)选卸港附加费(Optional Additional)

选择卸货港或交货地点仅适用于整箱託运整箱交付的货物，而且一张提单的货物只能选定在一个交货地点交货，并按箱收取选卸港附加费。选港货应在订舱时提出，经承运人同意后，託运人可指定承运人经营範围内直航的或经转运的三个交货地点内选择指定卸货港，其选卸範围必须按照船舶挂靠顺序排列。此外，提单持有人还必须在船舶抵达选卸範围内第一个卸货港96h前向船舶代理人宣布交货地点，否则船长有权在第一个或任何一个选卸港将选卸货卸下，即应认为承运人已终止其责任。

(6)直航附加费(Direct Additional)

当运往非基本港的货物达到一定的货量，船公司可安排直航该港而不转船时所加收的附加费。

(7)绕航附加费(Deviation Surcharge)

由于正常航道受阻不能通行，船舶必须绕道才能将货物运至目的港时，船方所加收的附加费。

(8)港口拥挤附加费(Port Congestion Surcharge)

在货柜运输中主要指港口拥挤或货柜进出不平衡，导致船舶长时问等泊或货柜在港积压而增收的附加费。

(9)旺季附加费(Peak Season Surcharge)

大多数航线在运输旺季时可能临时使用，船公司舱位不足所徵收的一种附加费。

(10)空箱调运费(Equip Rest Surcharge)

空箱调运费是货柜海运成本中的一项可大可小又很难避免的成本，由于它是间接的开支，故不太受人注意。

(11)港口附加费(Port Additional)

某些港口(包括基本港和非基本港)的情况比较複杂(如船舶进出需要通过闸门)，装卸效率低或者港口费收较高，在这种情况下，都会增加承运人的运输经营成本，承运人为弥补这方面的损失所增收的附加费。

(12)转船附加费(Transhipment Surchange)

凡运入非基本港的货物需转船运往目的港时，船方收取的附加费，其中包括转船费和二程运费。

随着世界货柜船队运力供给大于运量需求的矛盾越来越突出，货柜航运市场上削价竞争的趋势日益蔓延，因此，目前各船公司大多减少了附加费的增收种类，将许多附加费併入运价当中，给货主提供一个较低的包乾运价。这一方面起到了吸引货源的目的，同时也简化了运费结算手续。