合肥南站是合肥捷运1号线（运营）、合肥捷运4号线（建设）、合肥捷运5号线（建设）换乘车站。其中1、5号线车站呈平行双岛同台换乘，与4号线车站“T”形换乘，4号线为地下三层岛式站台。