1419年，经教宗马丁五世2月13日签署的教谕许可，梅克伦堡公爵约翰三世和阿尔布莱希特五世与汉萨城市罗斯托克的市议会共同创建了罗斯托克大学，开幕庆典于11月12日在圣玛丽亚教堂举行。大学最初由法学院，医学院和艺术学院（约1580年改称为哲学院）组成，而神学院的建立因异端思潮影响直到1432年才被教宗尤金四世允诺。

十五世纪，有400至500名学生在罗斯托克大学学习，主要来自荷兰、斯堪的纳维亚和波罗的海沿岸地区。罗斯托克大学据此在当时的德国属于大规模大学之列。由于政局混乱，罗斯托克大学于1437年在教会的压力下，服从巴塞尔宗教会议的禁令迁往格赖夫斯瓦尔德。此禁令于1440年撤销，而大学直到1443年才迁回罗斯托克，1487年至1488年（一说至1492年）大学又曾迁往汉萨城市吕贝克。

十六世纪，人文主义和路德学说传入罗斯托克大学。随罗斯托克市之后,大学于1542年接受新教。

十七世纪，约阿希姆·咏鸠斯于1622年在罗斯托克大学创办了德国第一所自然科学研究学会。而后的三十年战争使奉行路德新教的罗斯托克大学一度走入低潮，变为一个地方青年的高校。猎女巫时期林特尔恩大学、罗斯托克大学和维滕贝格大学是最重要的鉴定大学，当时各德国大学法学院的裁判方法非常不同，赫尔姆施泰特大学和林特尔恩大学的法学院被认为是强硬派。

十八世纪，梅克伦堡-什未林公爵虔诚者弗里德里希因教义分歧干涉罗斯托克大学事务, 于1760年同拥护公爵的教授在比措筹建新校, 此校于1789年由公爵弗里德里希·弗兰茨一世授意回归罗斯托克大学。

十九世纪，梅克伦堡的两个公国于1815年均升格为大公国，罗斯托克大学的所有权于1827年归属梅克伦堡-什未林大公。此后罗斯托克大学得以扩建，1870年建成了梅克伦堡式文艺复兴风格的新主楼，1899年开办了德国第一所大学附属耳鼻喉科医院。

二十世纪，罗斯托克大学于1919年建校五百周年之际授予阿尔伯特·爱因斯坦和马克斯·普朗克荣誉博士学位。纳粹时期大学在校生人数锐减，与此前1930年的1700人对比, 1939年在校生仅有700余人。爱因斯坦在罗斯托克大学的荣誉博士学位，也是他的第一项此类荣誉，在这一时期并未撤销，其原因未知。二战期间大学暂时关闭，1946年2月24日重新开放。适应当时局势需要，大学曾设定一所开办至1963年的以培养青年精英为目的的恩斯特·台尔曼工农学院。1950年农业学院成立，1951年造船系成立，1963年造船系改称技术学院，这也是德国古典大学首次设定工科院系，同年亦增设了工程经济系。1976年大学更名为威廉·皮克大学，直至1990年德国统一恢复原名，此后罗斯托克大学进行了新的院系调整。

罗斯托克大学设有九个学院，五十个专业，教职员工5000人，在校生15000人。

罗斯托克大学图书馆建于1569年，包括三个区域图书馆、十个专业图书馆以及大学档案馆、保管室、专利和标準中心，藏书约220万册，亦藏有众多古籍，包括2800卷手抄本和签名、650卷古版书和14份遗产。

南城食堂是罗斯托克大学的主要食堂，位于阿尔伯特·爱因斯坦街，于1999年新建，在学生杂誌《UNICUM》的评比中全德排名第一。现已拆除的旧食堂在学生参与下建于1976年，设有曾颇受欢迎的食堂电影娱乐部和牛奶吧，这两项设施在新建筑中被省略，2004年5月在旧食堂原址（即新食堂和南环路之间）建成了第一图书馆的新馆。另一食堂位于圣乔治街，靠近市中心。

从1992年开始罗斯托克大学也开始提供深化函授专业。这些专业和博洛尼亚过程範围内的质量保障中心的改组属于同一计画。

罗斯托克大学的语言中心为各专业学生提供很多可获得国际UNIcert证书的语言课程。

现任校长汉斯·于尔根·温德尔教授于2002年。2006年5月17日由教授、职员和学生各22人组成的大学议会选出新任校长托马斯·施特罗特霍特，校长任期四年。

(以德语名称字母排列为序)

* 农业和环境科学学院

* 计算机科学和电子技术学院

医学院

* 机械製造和船舶技术学院

* 法学院

* 数学和自然科学学院

* 医学院

* 哲学院

* 神学院

* 经济和社会科学学院

农业生态学，土木工程学，企业管理学，生物学，英国文学语文化，商务信息，化学，德语语言文学，电工学，教育学，日尔曼文学，历史，古代学，信息学，信息技术/技术信息学，区域文化与环境保护，机械製造，数学，医学，音乐学，哲学，物理学，政治学，法学，船舶技术，特殊教育，体育学，技术数学，神学，国民经济学，经济信息学，经济数学，经济工程学，经济教育学，天文学，人口学，基督教宗教学，希腊学，希腊语，运动科学等。

* 第谷·布拉赫，天文学家，占星学家，鍊金术士，曾在此求学

* 乐维努斯·巴图斯，医学家，讲师

* 鲁道夫·柏林，医学家，眼科教授，院长，校长

* 瓦尔特·哈尔施泰因，政治家，法学家，民法和公司法教授

* 库尔特·冯·弗里茨，古典语文学家，古希腊语文教授

* 约阿希姆·咏鸠斯，数学家，物理学家，哲学家，数学教授

* 瓦尔特·科姆博夫斯基，作家，近代文学文化史荣誉教授

* 海因里希·弗里德里希·林克，自然科学家，化学、动物学和植物学教授

* 莫里茨·施利克，哲学家，哲学教授

* 海因里希·施里曼，考古学家，在此获博士学位

* 鲁道夫·施泰纳，人类智慧学创立者，在此获博士学位

* 奥托·施特纳，物理学家，实验物理教授

* 乌尔里希·冯·扈腾，人文主义者，在此发表首篇着作

* 萨穆埃尔·哥特里普·弗格尔，医生，医学教授

* 奥古斯特·齐尔默，精算学家，在此获博士学位

爱因斯坦（Albert Einstein），物理学家，名誉博士

马克斯·普朗克（Max Planck），德国物理学家，量子论的奠基者，荣誉博士

约阿希姆·高克（Joachim Gauck），德国联邦总统，名誉博士

荷兰莱顿大学世界大学排名：327名

URAP世界大学排名：375名

NTU世界大学排名： 393名

上海交通大学世界大学学术排名（ARWU）： 401- 500名

CWUR世界大学排行榜： 428名

汤森路透欧洲最具创新力大学排名：91名 （德国第24名）

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QS学科排名“医学”排名：351- 400名

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