玛丽亚·克里斯蒂娜是奥地利的卡尔·斐迪南大公与奥地利的伊莉莎白·弗兰齐斯卡·玛丽亚女大公的女儿。她在摩拉维亚附近的布尔诺出生，常被亲友们亲昵地称为“克丽斯塔（Christa）”。她的祖父母是奥地利的卡尔大公和拿骚-魏尔堡的亨丽埃特·亚历山德里娜公主。来自各方的讯息都认为玛丽亚·克里斯蒂娜在结婚前就品格优秀。她“身材高挑、美貌、明智、受过良好教育”。1879年11月29日，玛丽亚·克里斯蒂娜在马德里的阿托查圣母圣殿内与西班牙国王阿方索十二世结婚。阿方索的原配默西迪丝·德·奥尔良在结婚半年后便去世了，也没有留下后嗣。身为王后，玛丽亚·克里斯蒂娜言行谨慎。她也是西班牙半个世纪以来的首位来自德意志的王后，在此之前最后一位来自德意志的王后是国王费尔南多七世的第三任妻子，萨克森的玛丽亚·约瑟法·阿玛莉亚。

当国王去世时，玛丽亚·克里斯蒂娜正怀有身孕，由于此前玛丽亚·克里斯蒂娜只生了两个女儿，因此，谁能登上王位要取决于王后的第三个孩子是男是女，如果是男孩，则由这个男婴继位，反之，玛丽亚·克里斯蒂娜的长女默西迪丝将会成为西班牙女王。在这段王位空缺期，玛丽亚·克里斯蒂娜一直担任摄政王直到她的儿子出生，这个男孩一出生就成为了西班牙国王阿方索十三世。之后，玛丽亚·克里斯蒂娜又继续担任摄政，直到阿方索十三世于1902年成年。1898年，玛丽亚·克里斯蒂娜与美国签订了《巴黎条约》，结束了三个月的美西战争。她的首席顾问兼政府首脑是普拉谢德斯·马里亚诺·马泰奥·萨加斯塔-埃斯科拉。她的统治平和，符合宪法权利，在她执政期间，为了防止政治冲突和混乱，进行了许多政治改革。她扮演的角色多半是象徵性的，她的目的主要是为了保护儿子的王位，直到他长大成人。

当其子于1906年结婚后，玛丽亚·克里斯蒂娜在宫廷内失去了第一夫人的地位。儘管如此，阿方索十三世仍然多次向她寻求建议。1929年2月，玛丽亚·克里斯蒂娜因心脏病在马德里皇宫去世，她被安葬在埃斯科里亚尔修道院内。阿方索十三世的传记作者查尔斯·皮特里爵士坚持认为，王太后的逝世对她的儿子造成了灾难性的影响，而后者在政治上从未从打击中恢复过来。在不到两年的时间里，君主制就崩溃了。

玛丽亚·克里斯蒂娜与阿方索十二世育有二女一子，其中儿子为遗腹子：