自1250年至1517年，马木鲁克建立了当时世界上最强大、富有的帝国之一。1250年，阿尤布王朝苏丹萨利赫·阿尤布去世后，他视作奴隶的马木鲁克人谋杀了他的儿子兼继承人图兰沙，而他的遗孀谢杰莱·杜尔则成为了埃及的女苏丹。她嫁给阿德贝格埃米尔艾伯克后退位，艾伯克成为苏丹，其统治时间为1250年至1257年。马木鲁克人在十年间巩固了自己的势力，最终建立了巴赫里王朝。1258年，蒙古人在巴格达的劫掠摧毁了阿拔斯王朝，马木鲁克人于此受益。开罗的地位也因此愈发重要，之后一直作为马木鲁克的首都。

马木鲁克人都是优秀的骑兵，他们沿袭了先祖草原突厥人的习俗，并融合了阿拉伯人的建制、技术上的精华及其马术。1260年，马木留克人在阿音札鲁特战役（位于如今的以色列地区）中击败了蒙古军队，最终迫使其撤退至现在的伊拉克一带。蒙古人败于马木鲁克人之手的讯息提高了马木鲁克人在地中海盆地南部的地位。苏丹库图兹于班师途中遇刺，统帅之一的拜巴尔斯成为新的苏丹。

1250年，拜巴尔斯是防守曼苏拉的马木鲁克指挥官之一，对方是法国国王路易九世（此战中战败后于法里斯库尔被俘，后被赎回）所率领的参加十字军东侵的骑士。之后，拜巴尔斯也参与了马木鲁克对埃及的接收。他成为苏丹后，于1261年在开罗建立了一个阿拔斯王朝的傀儡哈里发，马木鲁克人在巴勒斯坦继续与十字军国家的残党战斗，直到他们最终于1291年攻克十字军的阿卡城。许多鞑靼人定居在埃及并被拜巴尔雇用。他在埃尔比斯坦之战击败了蒙古人，并派遣阿拔斯王朝的哈里发和250人试图夺回巴格达，但没有成功。1266年，他摧毁了奇里乞亚亚美尼亚王国；1268年，他从十字军手中夺回了安条克。在他于1277年去世前，他先后与塞尔柱土克曼人和阿萨辛派交战，并首次将穆斯林的势力範围扩张到努比亚。

1280年，苏丹卡拉温在叙利亚镇压了松库尔领导的叛乱；次年，他在霍姆斯城外击败了阿八哈率领下的蒙古军。蒙古退兵后，他于1289年从十字军手里夺回了的黎波里。1291年，他的儿子哈利勒攻克了十字军最后的城市阿卡。

蒙古军于1299年再度入侵，但在1303年被击败。埃及马木鲁克苏丹与改信伊斯兰教的金帐汗国建立了外交关係，并于1322年签订了和平协定。1319年，苏丹纳斯尔·穆罕默德迎娶了一位蒙古公主。他在外交上的成就远超诸位前任，包括保加利亚、印度、阿比西尼亚帝国、教皇、阿拉贡国王和法国国王。1311年，他下令再挖一条连线亚历山大港与尼罗河的运河。1341年纳斯尔去世后，王位的不断更迭导致国内一片混乱。雪上加霜的是，1349年在埃及和地中海东部地区大面积爆发的黑死病夺走了许多人的生命。

1382年，最后一个巴赫里苏丹哈吉二世被废黜，国家被切尔克斯人族属的埃米尔巴尔库克接管。巴尔库克在1389年被放逐，但次年即重新掌权，建立了布尔吉王朝。

一般来说，巴赫里王朝的部队构成可分为几个方面：

1.马木鲁克：政治和军事基础的核心组成，这些的奴隶士兵被进一步划分为卡萨吉卫队（相当于禁军），皇家马木鲁克（苏丹直属），和常规马木鲁克（通常隶属于当地的埃米尔）。

2.哈尔卡（Halqa）：以自由人为主的专业武装，直接听命于苏丹。

3.瓦菲迪亚（Wafidiyya）：蒙古人入侵后迁移到王朝边境的突厥人和蒙古人，一般以批地换取兵役，有优秀的战斗力。

4.其他兵源：主要来自贝都因人的部落，但在不同的情况下也会徵召土克曼人和其他定居的阿拉伯人。