重庆市卫生应急指挥中心是重庆市卫生和计画生育委员会下属机构，主要职责如下：

拟订全市卫生应急规划、预案和制度；组织指导卫生应急体系和能力建设；指导突发公共卫生事件的应急準备、监测预警、应急处置和总结评估；负责突发急性传染病和突发公共卫生事件的预防控制；组织协调各类突发事件的紧急医疗救治；发布突发公共卫生事件应急处置信息。