（一）负责实施东海区海洋环境调查、监测和评价的技术指导工作；对东海区海洋环境监测网进行技术指导，实施国家下达的海区环境监测任务。

（二）负责编制东海区海洋环境质量预报、环境质量年报、环境质量通报。

（三）负责实施东海区海洋污染事故及海洋灾害等应急监测和调查评估。

（四）负责东海区海域海洋生物多样性和海洋生态调查、监测、评价及研究。

（五）负责东海区海域赤潮监视监测，并负责编制赤潮灾害预报和赤潮通报。

（六）承担海洋环境保护与整治规划的编制及环境监测调查和评价工作作。

（七）承担海洋基础调查、资源环境等专题研究和综合调查工作。

（八）承担海洋倾倒区选划，海上石油勘探开发，海洋、海岸工程等环境监测调查并为海洋环境保护与管理提供技术保障。

（九）承担东海区海域使用管理相关的技术服务工作。

（十）组织实施套用性技术开发研究，承担相关科学及技术对外交流与合作。

（十一）接受相应国家中心的业务技术指导，负责对东海区海洋环境监测中心（站）等机构的技术指导、培训、监督和服务工作。

（十二）承担实施海洋调查、环境评价、样品分析、水产养殖等技术服务、技术谘询和技术开发工作。

（十三）负责上海市的海洋环境调查、监测、监视和评价工作。

（十四）负责实施上海市海洋生物多样性和海洋生态、海洋自然保护区调查、监测、评价及研究。

（十五）承担上海市海洋倾倒区选划、海洋石油勘探开发、海洋工程建设项目等环境监测调查、评价及赤潮监视监测，海洋污染事故及海洋灾害等应急监测和调查评估。

（十六）完成分局交给的其他事项。

东海监测中心自成立以来，曾先后承担并完成国家、地方多个项目，如国家自然科学基金重大项目、中国近海海洋综合调查与评价项目、上海市近海海洋综合调查与评价项目，多次获奖。其中国家科技进步奖一等奖1项，国家海洋局海洋科技创新成果奖一等奖2项，国家海洋局海洋科技创新成果奖二等奖4项，其他省部级奖项二十余项。积累了丰富的监测、评价的经验与基础。