厦门海洋环境监测中心站（厦门海洋预报台）内设8个科室：

办公室

组织人事科

业务科

预报室

监测室

信息室

总工办公室

技术保障室

厦门海洋环境监测中心站（厦门海洋预报台）管辖福建沿海的4个海洋环境监测站：

国家海洋局东山海洋环境监测站

国家海洋局厦门海洋环境监测站

国家海洋局崇武海洋环境监测站

国家海洋局平潭海洋环境监测站

中心站（预报台）现有职工73人，中高级技术人员30多人，专业涉及物理海洋、海洋气象、海洋化学、海洋生物、海洋地质、海洋环境、海水养殖、计算机、通信、自动化、经济等多个学科。

厦门海洋环境监测中心站（厦门海洋预报台）作为全国海洋环境监测、预报网路的组成部分，承担着全国性、区域性的海洋观测、监测和预报任务；同时又作为地方海洋环境监测、预报的职能机构，承担着福建沿海和台湾海峡的海洋环境监测、海洋环境预报、海洋灾害预警报等任务；现持有海洋环境预报服务甲级证书、海域使用论证乙级证书和国家计量认证合格证书，具有开展海洋环境监测、海洋环境预警报、海洋灾害评估、海洋环境评价、海域使用论证和出具具有法律效力的监测公正数据的资质。

(一) 负责海洋站(县级海洋预报台)的行政业务管理、技术指导、人员培训和资料档案工作。

(二) 负责所属海洋站观测资料的获取、分析处理、传输和质量控制。

(三) 负责所辖海区海洋环境监测站的选址、论证及建设；承担观测项目变动技术报告的呈报。

(四) 製作并发布本辖区海洋环境预报和海洋灾害预报、警报，以及预报要素的诊断分析产品。

(五) 负责本辖区年度海洋灾害分析评估及预测，对海洋灾害进行灾情调查、资料蒐集并上报。

(六) 承担辖区经济建设、社会发展、防灾减灾和海上其他活动的专项海洋预报服务、海洋环境质量评价及海洋使用论证等工作。

(七) 负责辖区内海洋环境监测及资料数据的处理工作。

(八) 承担上级及地方政府下达的其他工作任务。

2018年10月，被评为全国中小学生研学实践教育基地。