广义上的棋圣战，拥有完整的金字塔结构，从上至下依次为：挑战七番棋、本赛（循环圈）、最终预选、预选赛。而狭义的棋圣战仅指前二者。

每年循环圈共12人，分成A、B两组。经过单循环，排定名次。如果获胜场数相同，则根据“顺位”（下详）决定：顺位在前者列前。各组成绩最差的两名（共4名）被淘汰（“陷落”），每组排名第2-4位的保级，而两位小组第一将进行挑战者决定战，胜者为挑战者。挑战者与头衔拥有者，进行挑战七番棋，胜者为本年度的棋圣。挑战者决定战的败者、挑战七番棋的败者，均回到循环圈，与6名保级者、4名预选赛选拔出来的晋级选手，总计12名，共同组成下一年度的循环圈。

循环圈，包括挑战者决定战在内，均为：每方5小时、5分钟读秒，分先，黑贴6目半。

而分组与“顺位”安排如下：

除却已在更上层获得确定资格的，所有棋院在籍棋手，可以参加预选赛。预选赛分别在日本棋院东京总部、大阪总本部、关中总本部（名古屋）与关西棋院（大阪）举行。经C、B、A，三轮单败淘汰赛，东京总部选拔出15名，其余选拔出13名，总计28名棋手，进入最终预选。

除却上述28名外，尚有上一年度循环圈中被淘汰的4名棋手，可以参与最终预选的角逐。这32名棋手，抽籤分为4组，单败淘汰决定各组出线者，进入循环圈。

最终预选用时与循环圈相同，预选赛则为3小时、5分钟读秒。

顾名思义，即七局四胜制。第一局，挑战者与卫冕者猜先，决定执黑先行者。之后，交替先行。假使有决胜局，则于第七局再次猜先。黑贴六目半。用时方面，每方8小时、10分钟读秒。

与名人战、本因坊战的挑战番棋一样，棋圣战挑战七番棋也是两日制，并通常将比赛安排在日本各地、乃至海外。

习惯上，将卫冕者卫冕成功称作“防卫”。相应地，将挑战者挑战成功称作“夺取”。

在挑战七番棋七番棋中取胜的，除却直接进入次年度棋圣战最终决战外，还将获得“棋圣”头衔，可于其他棋战、乃至棋界之外，广泛使用；于日本棋院的棋手介绍页面上，也将排在首位。

在棋圣战中十连霸者，可以立即使用“名誉棋圣”头衔。

而在棋圣战中连续五次或累计十次夺冠的棋手，将获得“名誉棋圣”头衔的使用资格，于引退或年满六十岁之后可以使用。截止到2013年，获得该资格的只有两人，藤泽秀行先生已经故去，而小林光一先生则于2012年9月就位名誉棋圣、名誉名人、名誉碁圣。

“名人”是安土桃山时代、江户时代开始，直至昭和初期，日本围棋在某一时刻唯一的九段、最高实力与最高权力者的独有称号。二十一世本因坊秀哉名人，于爱徒——也是心许的接班人——小岸壮二（本因坊秀立）去世的1923年，无奈地顺应时代潮流，将世袭的“本因坊”称号交与日本棋院。后者于1936年，与每日新闻社共同开设实力制的本因坊战，将本因坊作为其冠军的称号。而更为重要的“名人”称号，其继承，则仍未有定论。

此后，日本棋院先后于1950年、1958年分别与朝日新闻社、读卖新闻社共同主办了“最高位决定战”、“日本最强决定战”。由于恢复使用“名人”称号的呼声愈发高涨，在将棋名人战的影响下，日本棋院又于1960年将日本最强决定战改为“名人战”——并将名人作为该棋战冠军的称号，将最高位决定战改为职业十杰战。

1975年，读卖新闻社与日本棋院就名人战的赞助费用产生分歧，朝日新闻社趁机取得名人战的赞助权，于1976年将职业十杰战改为名人战。通常将此前由读卖新闻社赞助的名人战称为“旧名人战”，而将此后由朝日新闻赞助的名人战成为“新名人战”。

读卖新闻社就此事向法院提起对日本棋院的控告。在协商、斡旋后，日本棋院与读卖新闻社达成和解。读卖新闻社同意由朝日新闻社继续赞助名人战。相应地，日本棋院将开设一项，序列位于第一、并决定最高位棋士的新棋战，交与读卖新闻社赞助，也就是1976年开设的、至今仍为日本围棋界第一顺位的棋圣战。而分歧、易主、开设新棋战的一系列状况，被称为“名人战骚动”。

最初的棋圣战分为“各段战”、“全段争霸战”、“最高棋士决定战”三个阶段。

首先，日本棋院与关西棋院的所有棋手，依照初段至九段的段数分组，分别产生各段位的优胜，是为各段战。

其后，初段至六段各段的优胜、七段与八段各自的前两名、九段的四强，共14人，进行“全段争霸战”。该阶段并非单败淘汰。低段的胜者，需要逐段向上挑战，而高端选手则进行较少的对局。以第二届为例，初段的优胜，井上真知子初段，若想获得挑战权，需要连胜九场；而取得全段争霸赛优胜的林海峰九段，只进行了三场对局；以四强身份晋级下一阶段的四位棋手，皆是以逸待劳的八段九段棋手，工藤纪夫、本田邦久甚至只赢了一场，也已经足够。

接着再由全段争霸战的前四强，加上当时其他头衔的拥有者，以单败淘汰赛进行“最高棋士决定战”，产生最终的挑战者，与上一届的棋圣进行七番挑战。在第一届比赛因无前届棋圣存在，直接以前述“最高棋士决定战”的七番棋决赛作为决定棋圣的比赛。第二届开始，最高棋士决定战的决赛（即实际上的挑战者决定战）改为三番棋。

第10届开始的棋圣战，于各段战后，取消了全段争霸战，仅在初段至七段进行逐段挑战，决出唯一的胜者，与八段战九段战胜者、头衔持有者组成的强大阵容，去竞争挑战权。第19届及其之后，则取消了向上挑战，初段战至六段战的优胜、七段战八段战各自的第二名，共8名进行单败淘汰，决出一人进入最强棋士决定战。他将与七段战八段战各自的优胜、九段战前六名、头衔持有者一起竞争挑战权。

第25届开始，改为现行循环圈方式。第27届及其以前黑贴5目半，第28届及其之后黑贴6目半。

段位与头衔皆为当时段位与最大头衔

连霸记录
1.小林光一，八连霸　
2.藤泽秀行、井山裕太（目前），六连霸
3.赵治勋、山下敬吾，四连霸

已故藤泽秀行名誉棋圣

通算记录：
1.赵治勋、小林光一，8次
3.藤泽秀行、井山裕太（目前），6次

番棋连胜记录：
1.山下敬吾，9局
2.赵治勋，7局
3.小林光一，6局