乘着卫生体制改革的春风，2002年1月8日，江门市疾病预防控制中心以原市卫生防疫站为主体，併入两区防疫站后重新组建，与江门市卫生检验中心一个机构两块牌子，是江门五邑地区的疾病预防控制、卫生监测检验、预防性诊疗服务、科研培训的技术指导中心。内设传染病预防控制科、计画免疫科、爱滋病预防控制科、性病麻风病预防控制科、寄生虫病预防控制科、慢性非传染性疾病预防控制科、病媒生物预防控制科、健康教育科（市健康教育中心）、消毒与医院感染控制科、环境与学校卫生科、食品安全和地方病预防控制科、公共卫生应急科、病原微生物检验科、理化检验科、热带病预防控制科、办公室、财务科、后勤保障科、科教与质量管理科、信息与网路管理科等20个科室。

在“预防为主”的卫生工作方针指引下，我市坚持防治结合，扎实开展疾病控制各项工作，取得显着成绩，先后消灭或基本消灭了天花、血吸虫病、丝虫病、脊髓灰质炎等传染病，全市已实现连续多年无白喉、乙脑、脊髓灰质炎和百日咳病例，新生儿破伤风和麻疹的发病率也控制在国家相应的标準之下，其他一些曾经危害当地民众健康的传染病、地方病得到有效的控制。全市食品、饮用水、公共场所、学校、医院等卫生监测率和合格率逐年提高，公共卫生状况不断改善。

●贯彻执行国家、省、市有关疾病预防控制工作的法律法规和政策，组织实施全市疾病预防控制规划、计画和方案；完成国家、省、市下达的重大疾病预防控制指令性任务。

●开展传染病、寄生虫病、地方病、慢性非传染性疾病等疾病的流行因素监测、报告、流行病学调查、处理，及防控效果评价；开展皮肤病、性病、麻风病、爱滋病的监测、流行病学调查、疫情分析和管理。

●开展食源性、环境性疾病监测、流行病学调查和处理；按计画开展公众营养监测与评价；开展病媒生物调查、监测、防控技术指导及评价；对生活、工作、学习环境中健康危害因素进行监测、评价、干预。

●负责辖区内预防性生物製品管理，组织、实施预防接种工作和效果评价，监测、调查和处理预防接种疑似异常反应。

●组织开展和指导全市突发公共卫生事件的监测、预警和报告工作；组建应急队伍，并开展培训、演练；参与和指导突发公共卫生事件的调查、处理，并提供应急储备技术支持。

●组织开展病原微生物检验和毒物、污染物的理化检验，及相关毒理鉴定工作；受卫生行政部门委託承担与卫生监督执法相关的检验检测、分析评价、技术鉴定等工作；组织开展爱滋病、性病实验室质量管理。

●负责辖区疫情和健康相关因素等公共卫生信息的蒐集、分析、利用、预警，负责疾病预防控制信息网路运行维护、安全管理。

●开展健康教育和健康促进，协调指导各市、区的健康教育工作；承担“全国亿万农民健康促进行动”江门市办公室日常工作和控烟健康教育；负责制订全市健康教育工作规划、规範和考核评价体系，组织业务培训，实施效果评价；组织开展健康教育活动，设计製作健康教育宣传材料，普及医药、卫生、保健知识。

●负责对下级疾病预防控制机构进行业务指导、人员培训，并协助卫生行政部门开展绩效考核和评估；指导辖区内医疗卫生机构传染病及慢性非传染性疾病的防控工作。

●开展疾病预防控制套用性研究，推广适宜技术和手段，提供技术指导、支撑和服务。

传染病预防控制科
负责法定传染病及其流行因素的预防控制、监测、预测和预警工作；负责相关传染病疫情的现场处理、流行病学调查及效果评价工作。

公共卫生应急科
开展突发公共卫生事件处理的应急準备；负责突发公共卫生事件的疾病预防控制人员培训、物资管理、应急演练；承担重大传染病疫情、重大食品安全事件、群体性不明原因疾病等突发公共卫生事件应急监测、分析、评估、报告工作。

计画免疫科
负责全市免疫规划的组织实施及国家免疫规划疫苗针对传染病的预防控制等工作；监测、调查和处理预防接种疑似异常反应；负责疫苗调拨计画及冷链管理。

爱滋病预防控制科
负责爱滋病的疫情监测、行为干预、流行病学调查、自愿谘询检测、技术指导等工作。

性病麻风病预防控制科
负责开展皮肤病、性病、麻风病监测、流行病学调查、疫情分析和管理；组织开展有易感染性病危险行为的人群干预工作；负责全市性病、麻风病及皮肤病防治机构监测质控、业务指导和培训。

寄生虫病预防控制科
负责寄生虫病及其流行因素的监测、预防控制、预测和预警工作；组织寄生虫病的调查、处理及评价工作。

慢性非传染性疾病预防控制科
负责慢性非传染性疾病及其危险因素监测，筛查高危人群；负责居民病伤死亡的死因监测；负责慢性非传染性疾病综合防控业务指导。

病媒生物预防控制科
负责病媒生物预防控制、技术指导工作；负责媒介生物传播因素监测和干预，及疫源地和除四害工作的指导和评价；负责病媒生物抗药性检测。

消毒与医院感染控制科
负责医院感染因素监测与控制、消毒产品监测，及重点行业、场所消毒指导和评价。

环境与学校卫生科
负责对生活、工作等公共场所环境中影响人群健康的危害因素进行监测与评价，提出干预策略和措施；执行学生常见病预防控制规划及方案，开展学生常见病及其影响因素监测工作，实施预防控制措施；负责生活饮用水水质监测；负责与学校卫生相关的宣传教育、技术指导等卫生服务；开展健康相关行业从业人员预防性健康监测与管理。

食品安全和地方病预防控制科
负责食源性疾病和食品污染物的监测，开展食物中毒和食源性疾病的流行病学调查和处理；开展公共营养监测和评价；组织实施地方病的监测和控制工作。

病原微生物检验科
负责病原微生物检测检验、病原学鉴定；承担突发公共卫生事件应急病原学检测；负责病毒性疾病的实验室诊断、鉴定，病毒分子生物学检测；开展环境健康效应因子检测评价和健康相关物品的毒性测定、功能评价；组织开展爱滋病、性病实验室质量管理。

健康教育科（市健康教育中心）
开展健康教育和健康促进，协调指导各市、区的健康教育工作；负责拟订全市健康教育的规划、规範和考核评价体系，并按程式报批；组织健康教育和健康促进方面业务培训，实施效果评价；承担“全国亿万农民健康促进行动”江门市办公室日常工作和控烟健康教育，烟害防控、干预和评估；组织开展健康教育活动，设计製作健康教育传播材料，普及医药、卫生、保健知识。

办公室
负责行政、文电、印鉴、会务、机要、档案资料管理和对外交流等工作；负责党务、纪检监察、信访、计画生育、工青妇等工作；负责人力资源、人事档案、薪酬管理、内部审计。

财务科
负责编制和执行年度经费预算、决算；负责财务核算、成本核算和固定资产核算；定期进行财务数据分析和提出财务管理建议；负责会计、出纳等工作。

后勤保障科
负责安全保卫、安全生产；负责库房管理、车辆管理、环境卫生绿化管理，基建维修、固定资产、后勤保障管理；负责办公劳保用品、业务耗材、仪器设备、试剂、药械等採购和管理工作；负责预防性生物製品（疫苗）採购、贮存、配送；负责应急物资採购、贮存管理。

科教与质量管理科
负责实验室质量技术管理和检验质量投诉处理等工作；协助卫生行政部门开展全市疾病预防控制中心绩效考核；组织全市疾病预防控制中心实验室间比对质控；负责仪器设备、计量器具的检定；负责继续教育与培训、科研项目申报与管理；负责实验室生物安全管理。

信息与网路管理科
负责中心计算机信息化建设工作；负责网路和信息系统的运行维护，以及中心机房和网路安全管理；负责疾病预防控制基本信息系统、业务套用系统和办公自动化系统的运行维护；负责疾病预防控制相关信息统计，组织编撰年鉴；负责对外网站的管理。