国务院的机构设定，包括：已经第七届全国人民代表大会第一次会议通过的４１个部委，国务院办公厅，国务院直属机构和国务院办事机构，同时根据工作需要，设若干个由部委归口管理的国家局和若干个事业单位。
经过这次机构改革，调整后的国务院直属机构共１９个：国家统计局、国家物价局、国家建筑材料工业、国家医药管理局、中华人民共和国海关总署、国家技术监督局、中华人民共和国国家工商行政管理局、国家环境保护局、中国民用航空局、中华人民共和国国家旅游局、国家海洋局、国家气象局、国家地震局、国家土地管理局、中华人民共和国国家新闻出版署、国家档案局、国务院宗教事务局、国务院参事室、国务院机关事务管理局；国务院办事机构共５个；国务院法制局、国务院外事办公室、国务院侨务办公室、国务院港澳办公室、国务院特区办公室；部委归口管理的国家局共１６个：国家税务局、中国专利局、国家外国专家局、国家中医药管理局、国家语言文字工作委员会、国家菸草专卖局、国家国有资产管理局、国家黄金管理局、国家核安全局、国家测绘局、国家矿产储量管理局、国家文物局、国家保密局、国家外汇管理局、中华人民共和国国家进出口商品检验局、国家着作权局；事业单位共５个：新华通讯社、中国科学院、中国社会科学院、国务院
经济技术社会发展研究中心、国务院农村发展研究中心。