1928年，由中国现代医学的先驱伍连德、谢和平和林宗扬等发起，即在北京成立过中国微生物学会。

1937年，改称中国病理学微生物学会（The Chinese Society of Pathology and Microbiology），移会址于上海，有会员50多人，并举行过学术讨论会。

1945年，学会在广州开过大会，到会者百余人。

1950年，在中华医学会首都大会上成立过中华微生物学会。

1952年12月，中国微生物学会正式成立，在北京召开第一次全国代表大会。

1953年，学会编辑出版的《微生物学报》创刊。

1956年7月，学会第二届全国会员代表大会在北京举行。

1958年，中华全国自然科学专门学会联合会和中华全国科学技术普及协会合併，改组为中国科学技术协会，中国微生物学会即转为中国科学技术协会的团体会员。

1962年开始，学会的日常工作由中国科学院微生物研究所主持。

1963年，学会年会期间举行了第三届会员代表大会。

1974年，学会创刊了微生物学综合性中级刊物《微生物学通报》。

1979年10月，学会在浙江莫乾山召开了与1963年相隔16年的学术年会，会议期间增选了理事会成员。

1980年，中国微生物学会正式加入国际微生物学会联合会。

2016年10月，中国微生物学会学术年会暨中国微生物学会第十一次全国会员代表大会在西安召开，大会闭幕式上宣布成立中国微生物学会第十一届理事会。

学会最高权力机构是全国会员代表大会。全国会员代表大会每届5年，因特殊情况需提前或延期换届的，须由理事会表决通过，报业务主管单位审查，并经社团登记管理机关批准。延期换届最长不超过1年。

全国会员代表大会的职权是：

一、制定和修改章程；

二、选举和罢免理事；

三、审议理事会的工作报告和财务报告；

四、制定和修改会费标準；

五、决定终止事宜；

六、决定其他重大事宜。

理事会是全国会员代表大会的执行机构，在全国会员代表大会闭幕期间领导学会开展日常工作，对全国会员代表大会负责。理事会会议每年至少举行一次，须有三分之二以上的理事出席方能召开，情况特殊的，可採取通讯形式召开。理事会的职责是：

一、执行全国会员代表大会决议；

二、选举和罢免理事长、副理事长、秘书长、常务理事；

三、筹备召开全国会员代表大会；

四、向全国会员代表大会报告工作和财务状况；

五、决定会员的吸收和除名；

六、决定办事机构、分支机构、代表机构和实体机构的设立、变更和注销；

七、决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任；

八、领导学会各机构开展工作；

九、制定内部管理制度；

十、决定奖励和表彰事宜；

十一、决定其他重大事项。

据2019年1月中国微生物学会官网显示，学会有22个专业委员会和6个工作委员会。

据2019年1月中国微生物学会官网显示，学会有会员近1.6万人。

中国微生物学会的会员种类：个人会员、单位会员。

申请加入学会的会员，必须具备以下条件：

一、拥护学会章程；

二、有加入学会的意愿；

三、个人会员应当具备下列条件之一：

（一）具有助理研究员、讲师、工程师、农艺师、主治医师等以上技术职务或职称及相当上述学术水平者；

（二）高等院校本科毕业从事该学科工作三年以上，或自学成才并有实际工作经验和相当学术水平，以及获得硕士学位以上者；

（三）热心和积极支持学会工作并具有一定学历的微生物学界的管理人员，企业人士。

个人会员是中国微生物学会的主体。学会严格按照中国科协制定的个人会员登记号原则，对个人会员进行全国统一编号。

四、在学术上有较高成就、对中国友好,并愿意与学会联繫、交往和合作的外籍科技工作者，经中国科协批准可吸纳为学会通讯会员。

五、单位会员：与微生物学专业有关，具有一定数量的科技队伍，并愿意参加学会有关活动，支持学会工作的科研、教学、生产、设计等企、事业单位以及依法成立的有关学术性团体。学会与单位会员建立业务联繫和互相支持关係。

一、个人会员经学会会员二人介绍，提交入会申请书；单位会员直接提交入会申请书；

二、由学会办公室根据入会条件审查入会申请书，报理事会或常务理事会批准，由学会办公室颁发会员证，并通报全体会员。

一、学会的选举权、被选举权和表决权（不含通讯会员）；

二、积极参加学会的活动；

三、获得学会服务的优先权；

四、对学会工作的批评建议权和监督权；

五、退会自由。

单位会员除享有以上个人会员的权利外，可优惠取得学会的有关学术资料，可要求学会优先给予技术谘询和请求学会协助举办培训班等。

一、执行学会决议；

二、维护学会的合法权益；

三、完成学会所交办的工作；

四、按规定缴纳会费；

五、向学会反映情况，提供有关资料；

六、应坚持科学真理，遵守诚实客观原则，抵制学术不端行为和一切违反科学道德的研究活动。

会员退会应书面通知学会并交回会员证。会员如果1年不交纳会费或不参加学会的活动，经学会书面提示，仍不履行义务的，视为自动退会。

严重违反学会章程者，经理事会或常务理事会表决通过，予以取消会籍。

中国微生物学会围绕微生物学的学科範围从事以下业务活动：

一、开展微生物学中国国内外学术交流，促进民间国际技术合作，促进微生物学发展；

二、普及科学知识，传播科学思想和方法，推广先进技术；

三、反映科技工作者的意见和要求，维护科技工作者的合法权益，组织科技工作者参与国家科技政策、科技发展战略、法规制定和国家事务的科学决策、民主监督工作；

四、举荐人才，经政府有关部门批准，表彰、奖励在科技活动中取得优秀成绩的会员和科技工作者；

五、开展科学论证和科学谘询，提出政策建议，接受委託承担科技项目评估、科技成果评价、技术职称资格评审，科技文献和标準的编审，编辑、出版、发行微生物学科类科技书刊；

六、开展对学会会员和广大微生物学科技人员的继续教育和培训工作；

七、举办为会员服务的其他事业和活动。

一、会费；

二、捐赠；

三、政府资助；

四、在核准的业务範围内开展活动或服务的收入；

五、利息；

六、其他合法收入。

中国微生物学会每年的学术年会是学会第八届理事会倡导坚持下来并打造成为精品项目。

中国微生物学会除定期召开中国-日本双边国际学术会议外，同时还加强与欧美微生物学界的联繫和交往。2007年8月美国微生物学会首次派代表团出席了在新疆乌鲁木齐召开的2007年中国微生物学会学术年会。

2002年，国际微生物学会联合会（IUMS）副主席Luciano Polonelli教授及夫人等一行7人，应中国微生物学会的邀请访问了北京、上海两地。

2006年6月，IUMS主席Karl Heinz Schleifer教授接受中国微生物学会邀请，访问了北京、上海。

2008年，国际微生物学会联合会主席Daniel Sordelli教授和IUMS候任主席Geoffrey L.Smith教授参加中国科学院微生物研究所50周年所庆活动后，于12月5日访问了中国微生物学会。

2003年，学会被中国科协评为“第四届中国科协国内学术交流先进学会”。

2005年，学会被中国科协评为“第五届中国科协国内学术交流先进学会”。

2007年，学会被评为中国科协“学术交流先进奖”和“会员工作先进奖”学会。

中国微生物学会主办的学术期刊有：《微生物学报》、《生物工程学报》、《病毒学报》、《中国人兽共患病学报》、《中国病毒学》、《微生物学通报》、《微生物学杂誌》。

《微生物学报》是中国微生物学领域综合性学报级期刊和中国自然科学核心期刊，是中国最早被医学文献资料库“MEDLARS”作为医学主题词标引的五个中文期刊之一，报导内容包括普通微生物学，工业、农业、医学、兽医微生物学，病毒学，免疫学以及与微生物学有关的生物工程等等方面的研究成果。。

《生物工程学报》是由中国科学院微生物研究所和中国微生物学会主办的的综合性学术期刊，主要报导动物、植物、微生物以及医学等生物工程相关领域的新发展、新成果和新技术。

《病毒学报》是病毒学专业学术刊物，创刊于1985年，主要刊登具有创新性研究的论着、简报及具有评述观点的中国国内外热点研究的综述稿件等。该刊为中国精品科技期刊，中国科技核心期刊，北京大学基础医学核心期刊（中文核心期刊要目总览），武汉大学RCCSE（中国科学评价研究中心），中国科学引文资料库（CSCD）核心来源期刊，被CA、BA、CBST、MEDLINE（PubMed）、SCOPUS资料库以及世界卫生组织西太平洋地区医学索引（WPRIM）等文摘和资料库收录。

《中国人兽共患病学报》系国家级刊物，刊登由病毒、细菌、螺旋体、寄生虫等引起的人兽共患病，病原学、流行病学与防治研究的论文，被美国《化学文摘》、《俄罗斯文摘》、英国《动物学记录》、美国《剑桥科学文摘社网站》、英国《国际农业与生命科学研究中心》等多种国际检索组织收录。

《中国病毒学（英文版）》（VirologicaSinica）创刊于1986年，2007年改为全英文出版。该刊长期被PubMed/medline、Scopus、BIOSISPreviews（生物学文摘）、CA（化学文摘）和中国生物学文摘、医学文摘、农业学文摘等20余种文摘及检索刊物收录；为国家科技部信息所“万方数据（ChinaInfo）系统”、清华大学“中国学术期刊光碟版”和“中国期刊网”的期刊源；是CSCD（中国科学引文资料库）、中国生物学和医学期刊的核心期刊。该刊设有微型述评、综述与专论、研究报告或简报、技术与方法、学术争鸣等栏目，研究报告内分医学病毒、动物病毒、植物病毒、原核生物病毒等。

《微生物学通报》创刊于1974年，是以微生物学套用基础研究及技术创新、套用为主的综合性学术期刊，为中国生物科学类核心期刊。该刊刊登内容包括：基础微生物学研究；农业微生物学研究；工业微生物学研究；医学微生物学研究；食品微生物学研究；环境微生物学研究；微生物功能基因组研究；微生物蛋白组学研究；微生物模式菌株研究；微生物工程与药物研究；微生物技术成果产业化及微生物教学研究改革等。

《微生物学杂誌》主要栏目有“大家专版”、“研究报告”、“专题论述”、“技术与方法”、“专题译述”、“论文摘要”、“产品推广”、“技术讲座”、“成果与产品信息”及“会议简讯”等。该刊为中国科学引文资料库来源期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科技核心期刊、中国生物学核心期刊、中国核心期刊（遴选）资料库统计源期刊、中国学术期刊综合评价资料库统计源期刊、万方数据-数位化期刊群上网期刊、中国期刊全文资料库等收录期刊，被《化学文摘》（CA）、《大英国协农业文摘》（CAB）、《中国生物学文摘》等检索刊物摘引和收录。

学会主要的科普工作和成绩如下：

1983-1988年，中国微生物学会与地方微生物学会和有关专业委员会配合，组织了支边科技讲学团赴陕西、甘肃、青海、内蒙、新疆、海南、宁夏等地区进行有关“炭疽病”、“不明热”考察，并进行细菌系统分类学、免疫学和病毒学的基本理论及新技术、新方法的讲。

1989-2001年，学会发起并参加了由中国科协青少年部组织开展的“生物百项”活动，派专家参加了第1至第6届活动的指导与评奖活动，普及微生物学基础知识和实际操作。

1999年，中国微生物学会组织了街头科普活动。

2001年5月，学会参加了在北京中山公园举行的“首届全国科技活动周”。

2002年5月，学会参加了在北京玉渊潭公园举办的“2002年全国科技活动周”大型科普活动。参展的主题为“生物恐怖及我们的防御準备”，製作并展出了大幅展板，并发放“新世纪微生物学展望”、“生物武器及我们的防御準备”等宣传资料。

2005年5月，学会参加了在北京海淀公园展览馆举办的“2005年全国科技活动周”大型科普活动，活动的展区划分在“健康生活与公共卫生”展区，内容主要是食品安全、普通微生物等。

2003年3月中旬开始，针对SARS病原传染性强、疾病有不断蔓延趋势而社会各界仍缺乏足够的防护知识的状况下，中国微生物学会病毒学专业委员会立即与中央电视台的“大众健康”栏目接洽，提出了应及早在央视明确开办“防治非典”专题节目的建议。

2008年5·12汶川大地震后，中国微生物学会病毒学专业委员会许多委员参与了抗震救灾活动。

2006年，中国微生物学会农业微生物学专业委员会分别接受《科技日报》、《经济日报》、《农民日报》和中央电视7台有关微生物肥料的专题採访，对正确认识和使用微生物肥料起到了科普宣传效果。

2007年9月21-22日，中国微生物学会主办的第五次全国农药残留微生物降解技术培训班在河北沧州举行，来自江苏、福建、江西、浙江、四川以及河北等省的100多位农药残留微生物降解技术套用基地负责人、农业科技管理和农技推广人员以及热心于发展绿色无公害农业和农产品出口创汇的企业家代表参加了该次培训活动，活动形式及活动内容得到了参加活动者的认可。该活动被列为中国科协2007年主题科普活动之一。

2011年12月。中国微生物学会酶工程专业委员会与北京电视台科教频道（BTV-3）“健康大智慧”栏目合作，完成了科普节目“酶与健康”的录製。

中国微生物学会酶工程专业委员会主任、中国科学院微生物研究所金城研究员作为特邀嘉宾，做客北京电视台科教频道，从“认识酶”、“酶与消化”、“酶与癌症”、“酶与常见病”、“酶与抗衰老”、“生活中的酶”和“与酶共生”几个方面介绍了酶与生活、健康的关係。该节目共7集，曾于2011年12月12日开始，在BTV-3健康大智慧栏目每天播出一集（17：20-18：05），连续播出7天。

中国微生物学会会徽呈椭圆形，图案是由中国微生物学会英文缩写CSM组成，图案显示细胞内含物包容在一个椭圆形的微生物细胞中。

中国微生物学会会徽可在办公地点、活动场所、会议会场悬挂，在出版物上印製，也可作为徽章佩戴。

中国微生物学会的宗旨是遵守中华人民共和国宪法、法律、法规和国家政策，遵守社会道德风尚，认真贯彻党的基本路线和“百花齐放，百家争鸣”方针，贯彻民主办会的精神，充分发扬民主开展学术上的自由讨论。提倡辩证唯物主义，坚持实事求是的科学态度和优良学风，弘扬“尊重知识，尊重人才”的风尚，积极倡导“献身、创新、求实、协作”的精神，团结广大微生物学科技工作者，促进科学技术的繁荣和发展，促进科学技术的普及和推广，促进科技人才的成长和 提高，促进科学技术与经济的结合，为社会主义物质文明和精神文明建设服务，高举爱国主义旗帜，维护民族团结，促进祖国统一，为加速实现中国社会主义现代化做出贡献。