第一任所长为陈心陶教授（1963-1976），第二任所长为徐秉琨教授（1976-1991）。1991年后，李桂云教授和刘启文教授曾任副所长。2006年，中山大学中山医学院重新认定了这一研究机构，并任命余新炳教授为中山医学院寄生虫学研究所所长。
经过40多年的建设和发展，寄生虫学研究所已成为我国寄生虫学及病原生物学高级人才的培养和科学研究的重要基地之一。1978年，寄生虫学学科被授予硕士点，1981年被授予博士点，1987年被评为国家重点学科， 2000年被评为广东省A类重点学科，2003年、2006年再度被评为省重点学科（病原生物学）。1996年寄生虫学研究所分子原虫实验室被评为广东省“五个一工程”重点实验室。寄生虫学研究所是全国高等医学院校规划教材《人体寄生虫学》（第一、二、三版和五版）及七年制八年制规划教材《人体寄生虫学》、全国高等医药院校医学检验专业教材《临床寄生虫学检验》的主编单位；是卫生部指定的高等教育师资培训基地和教育部热带病防治重点实验室组成单位之一；是广东省寄生虫学会理事长单位和中华预防医学系列刊物《热带医学杂誌》的主编单位。2004年，《人体寄生虫学》被评为国家级精品课程。
寄生虫学研究所现有教研人员15名，其中教授4名、副教授3名，讲师4名，广东省高等学校教学名师1名（詹希美），63.6 %的教师具有博士学位。博士生导师4名、硕士生导师4名，招收病原生物学专业的博士研究生和硕士研究生，接受博士后研究人员和国内外访问学者。主要研究方向包括：病原生物功能基因组研究、病原生物生化与分子生物学、感染性疾病的疫苗研究、寄生虫学生态学研究、寄生虫免疫学研究、虫媒与虫媒病控制等。
寄生虫学研究所在重要人体寄生虫病（肝吸虫病、日本血吸虫病、广州管圆线虫病、弓形虫病和恶性疟疾）、虫媒病（登革热等）等基础研究及关键防治技术研究等方面进行了较深入和系统的研究。近5年来获得了国家“973”计画、国家自然科学基金、广东省首批团队研究项目等资助，取得了多项科研成果奖（2项省部级二等奖、2项省部级三等奖），发表学术论文300多篇，培养博士生和硕士生50余名。
寄生虫学研究所在国内具有较强的学术影响力。余新炳教授为卫生部寄生虫病专家谘询委员会副主任委员、中华预防医学会寄生虫学分会副理事长、广东省寄生虫学会理事长、《热带医学杂誌》主编。詹希美教授为中国动物学会寄生虫分会副理事长、吴忠道教授为卫生部血吸虫病专家谘询委员会委员。
2005年，与江门市疾病预防控制中心合作，建立了中山大学-江门市热带病防治现场研究基地。