高中开始，方是民是福建高考语文状元发表了一些诗歌，也参与创办过诗社。

1985年毕业于云霄一中，从福建晋江考入中国科学技术大学生物系，结束五年本科后去了美国。

1991年1月正式入学密西根州立大学生物化学系，1995年年底拿到博士学位。

1993年，在美国读书的方舟子经常浏览一个缩写为ACT的中文网站，方舟子在这里发表了不少文史类小文章，成为网站里公认的“网文八大家”之一。

1994年2月，由于他发现总有一些内容极佳的帖子沉底，于是创办了一个文学电子刊物《新语丝》（灵感源于他的精神楷模鲁迅创办的文学刊物《语丝》），专门集纳这部分内容。

1995年，方舟子创造了简体中文版网路游戏“侠客行”。有人找到过方舟子，想商业化他的“新语丝”和网路游戏这两个平台，他拒绝了。后来，他放弃着作权，公开了“侠客行”原始码，游戏迅速遍及各大院校，而“新语丝”最终被他注册成为非盈利性机构。同年，方舟子获美国密西根州立大学生物化学博士学位。先后在美国罗切斯特（Rochester）大学生物系、索尔克（Salk）生物研究院做博士后研究。

1998年10月，方舟子回中国了。

1999年至2010年，方舟子设立新语丝网站，通过发表自己的文章以及刊登网友文章，揭发中国科学界、教育界的学术腐败现象，批判伪科学、伪气功、伪环保等。方舟子同时兼任诸多平面媒体的专栏科普作家，其言论经常引起热议，被公众誉为“打假斗士”。

2000年，创办中文网上第一个学术打假网站“立此存照”。

2002年11月，定居美国加利福尼亚州，从事网际网路开发、写作和兼任美国生物信息公司的谘询科学家。

2010年8月初，方舟子在《中国青年报》、《经济观察报》、《新华每日电讯》有专栏，与《健康管理》、《大众健康》也有相对固定的合作；9月，图书《大象为什幺不长毛：方舟子破解科学谜题》出版。

2012年7月11日，互动百科聘请方舟子为该公司首席科学顾问。

2013年7月21日，“健康中国人网”正式启动上线，方舟子任总顾问。

2010年12月18日，获得“2010知识中国”年度人物。

2011年1月7日，获百度2010年度网路先锋奖。

2012年，获2012年度John Maddox科学贡献奖。

2012年6月26日，在拉斯维加斯的第24届全球反欺诈大会上获得克里夫·罗伯森哨兵奖。

2000年9月，方舟子称陈晓宁只是一家私营机构的技术人员，虽然兼任加州大学医学院的“附属副教授”，但这些都是挂名的职务，既不是“博士”，也不是“加州大学教授”，他的公开信中说，美籍华人科学家陈晓宁的三大基因库在美国用3000－4000美元就可以买到。

2001年1月，方舟子发文揭露，珍奥核酸等“核酸营养品”不仅没有保健作用，还会有副作用，珍奥核酸组织“专家”开研讨会、听证会与方舟子叫板。在媒体热炒后，卫生部、国家工商总局认定珍奥核酸做虚假宣传。

2002年，方舟子质疑加州美国大学，他撰文称其是一所“克莱登大学”。

2004年3月4日，方舟子质疑朱涵发表的多篇SCI论文，朱涵对方舟子的言论予以否认。

2005年，中科院院士评选，肖传国第二轮在网上公示时，被方舟子发现，他在《脚踏两只船的院士候选人》一文中称，质疑肖传国研究多年的“肖氏反射弧”并没有得到过公认。9月14日，肖传国以方舟子撰文污衊“严重损害了自己的名誉权”为由，将方舟子告上法庭，2006年8月，武汉市江岸区人民法院判决方舟子败诉；

2005年10月12日，方舟子的“新语丝”网站收到一篇署名“严晋”的举报投稿《学术界罕见的骗局：评于建嵘的成名之路》；10月14日，在一封题为《写给杂种方舟子的信》的E-mail中，农民问题学者于建嵘大骂方舟子；10月17日，于建嵘突然向方舟子道歉，并称辱骂信并非自己亲笔所写，而是“一个朋友”所为。11月1日，方舟子认为：个人打假的确有很多局限性，但是改变中国学术体制远非一日之功，他坚信自己目前的做法利大于弊，自己还是会一个案例一个案例地做下去；11月23日，方舟子在“新语丝”网站中首次披露，原清华大学医学院院长助理、教授刘辉学术造假，2006年刘辉涉嫌学术造假被解聘。

2006年10月，中级法院审理了，方舟子侵犯名誉权案，法院认为方舟子发表的《“金娣存款”档案致命漏洞》一文，属于自己对事件的真实性评论认识，不符合侵害名誉权的要件，而新语丝髮表的其他网民文章，不能认定是方舟子侵权；11月20日，北京市二中院对“刘子华遗孀起诉科学打假人方舟子涉嫌侵害名誉权”案做出一审判决。法院认为方舟子使用带有丑化性辞彙形容“八卦宇宙论”创始人刘子华，贬损了这位去世14年的留法博士人格，构成名誉侵权，判决方舟子和刊登言论的北京科技报社各赔偿刘子华家属2万元。

2007年4月，方舟子在“新语丝”披露，蒙牛特侖苏OMP牛奶添加的“造骨牛奶蛋白”实际上是国外研究很多的一种生长因子IGF-1，不仅不能造骨，还有致癌风险。后来国家质检总局下文认为OMP是不允许添加的添加剂。

2010年7月1日，方舟子质疑唐骏学历造假。他指出：“一、加州理工学院计算机系校友名单中没有此人。二、美国大学博士论文资料库中找不到此人的论文。”；7月17日，方舟子微博上揭露乐嘉的“性格色彩学”剽窃美国人泰勒·哈特曼（Taylor Hartman）的《色彩密码》一书，并称乐嘉就读的“阿姆斯壮大学是加州野鸡学校”。7月27日，乐嘉正式发表长文，就“学历门”和“剽窃门”做出解释。7月31日，方舟子在揭露“神仙”李一表演的“神通”有假。

2011年2月，方舟子与明星王菲展开了一番关于信仰和科学的辩论；7月，方舟子对江苏卫视《非诚勿扰》嘉宾乐嘉的“性格色彩学”和学历都提出了质疑，称乐嘉的母校——美国阿姆斯壮大学是“冒牌大学”；8月，方舟子在微博上称，李承鹏私下与房地产商过从甚密，并表示李承鹏为房地产商“写软文”，涉嫌虚假宣传。8月7日，李承鹏公开发表《我的道歉》，承诺退钱和捐款，以后绝不代言房产哪怕是衍生产品；10月25日，方舟子发微博称，中国农业大学副校长张建华是加州美国大学MBA毕业；11月22日，方舟子在微博上对创新工场CEO李开复在卡内基梅隆大学担任副教授的经历提出炮轰。

2012年1月19日至28日，方舟子在网路连续发表《造谣者韩寒》、《天才韩寒的文史水平》、《韩寒的悬赏闹剧》、《“天才”韩寒创作<三重门>之谜》等文章，以及转发、评论若干他人文章，指韩寒作品“代笔”、“包装”；1月29日，韩寒委託律师，就方舟子通过网际网路“质疑韩寒代笔”其间造谣、对韩寒名誉造成损害事宜，在上海提起法律诉讼，要求公开更正、道歉，赔偿经济损失10万元；2月，网友将方舟子在“韩方大战”事件期间的视频资料截图做成表情，配上他常用的句式ps各种搞笑图片；3月，方舟子对袁隆平的转基因水稻的安全性有疑虑；5月7日，方舟子在新浪微博上，称韩寒身高应在164厘米左右；7月31日，方舟子在微博公开质疑蒋方舟作品《白字先生》为其母亲、作家尚爱兰代笔；10月9日，方舟子在微博称，360安全浏览器根本不安全，在使用过程中会收集用户大量隐私，并且被媒体屡次曝光产品缺陷问题；10月11日下午，360公司发表声明，称有网友爆料方舟子被收买，以所谓“打假卫士”的身份，频频抹黑360安全浏览器。360董事长周鸿祎随后也通过微博表示：这一次是方舟子，下一次还会有圆舟子，后面肯定还有一系列抹黑360安全浏览器的组合拳；10月30日，蒋方舟回应方舟子“代笔质疑”，埋头写书让时间证明一切。

2013年5月20日，方舟子质疑鲁若晴微博是否由本人维护，其背后是否有一个策划团队；11月，方舟子对林志颖声称某品牌胶原蛋白饮品是他本人带领团队研发一事提出质疑，认为该产品林志颖团队自己研发，并认为林志颖自称“Dr.Lin、林博士”是欺诈行为；9月7日，方舟子在中国农大玉米试验基地发起转基因玉米试吃活动。

2014年1月，方舟子认为擅长速算的智障青年周玮是骗子，其速算答案是背的。但是据专家组介绍，他们给周玮心算的题目类型有很多，包括多位数乘法、乘方运算、开方运算等。方舟子提出的 “让他开个3次、4次方”这类运算也测试了，结果周玮都能算出来。除了心算测试，专家组还给周玮做了记忆力测试，发现他的记忆力并没有超出常人。这就间接证明了：他不是靠记诵答案来答题的。

2017年9月9日，云南省普洱茶协会就方舟子发表的《喝茶能防癌还是致癌？》一文中称喝普洱茶能致癌的言论损害了云南省普洱茶产业的声誉，损害了云南省600万茶农的合法权益，对此省普洱茶协会正式起诉方舟子，要求其对不当言论作出公开道歉，同时索赔600万元名誉损失费。

任何一个不带偏见的人都承认，方舟子对学术打假作出过贡献。与此同时，对方舟子本人涉嫌抄袭的指责也没有停止，但他始终不承认自己存在任何形式的学术不端行为，并时常为此与学界人士爆发激烈论战，这使得他的形象颇受争议。（法制日报评）

方舟子反差很大，双重标準明显看别人的毛病很清楚，自己的缺陷不觉察，他有洁癖，又不是一个完美的人，活得也不轻鬆。（中国社科院学者易华评）

方舟子的六亲不认体现在他对媒体以及支持者的态度上。在打假和科普上，方舟子是受人尊敬的，而他在为人处事上的刚性和偏执，总会被网友、读者尤其是与他接触过的记者们直斥“小家子气”、“格局太小”、“不可理喻”。他在文字和口头表达上常有的判断性用语，被认为是“文革”文风，大扣帽子，抓住一点不及其余，“孩子与髒水一起倒掉”。（人民日报评）

2005年7月至8月，方舟子分别发表文章，对西安翻译学院以及丁祖诒院长进行人身攻击，西安翻译学院委託律师起诉方舟子。2007年4月16日，西安翻译学院诉方是民名誉侵权一案，西安市中级人民法院维持了2006年11月14日西安市长安区人民法院的一审判决，作出了方舟子败诉向原告道歉赔款的终审判决。

2006年11月14日，10名志愿者在美国筹备了近3个月成立了中国科学与学术诚信基金会，初衷是接受海内外捐款用于“科研打假”。基金会筹备小组表明，方舟子及新语丝网站是基金会的主力捐款方之一，也是主要的受资助方之一。美国南卡罗来纳大学副教授亦明批评这个基金会的实质就是洗钱。

2012年2月，网友爆料，方舟子发表的文章中曾经多次抄袭国内外专家学者的论文。其中对于方舟子涉嫌抄袭美国Root Bernstein教授一事，虽然方舟子回应称已经向Root·Bernstein教授作出解释和交代。但有网友指出Root Bernstein教授并未接受方舟子的道歉，反而写邮件对方舟子给予重责。

2012年3月22日，罗永浩前往公安局、地税局、民政局，举报方舟子及其代理律师彭剑涉嫌用“科技打假资金”及“科技打假人士安保资金”诈欺钱财、偷税漏税。

2013年9月，方舟子和崔永元对微博信息进行了争论。2014年1月13日，方舟子起诉崔永元侵害名誉权²²；3月5日，方舟子向北京市民政局、中国红十字基金会社会监督委员会举报崔永元公益基金涉嫌违法违规；3月7日，北京市民政局在微博公开对方舟子举报信的回覆，称北京市民政局不具有对崔永元公益基金的管理许可权，并建议举报人向民政部反映。不过几分钟后，北京市民政局删掉该微博。

2014年7月23日上午9时30分，北京市海淀法院公开开庭审理原告（反诉被告）方是民（笔名方舟子）与被告（反诉原告）崔永元名誉权纠纷一案，北京市海淀区法院一审判决崔永元删除法院认定的侵权微博、向方舟子赔礼道歉，赔偿方舟子精神损害抚慰金3万元及合理支出1万5千元。对崔永元的反诉，判决方舟子删除法院认定的侵权微博、向崔永元赔礼道歉，赔偿崔永元精神损害抚慰金2万5千元及合理支出2万元。随后，双方均提起抗诉。

2015年9月17日上午，北京一中院组织双方当事人进行了证据交换，并确定将于2015年9月28日9时30分进行二审开庭审理；9月28日上午，北京一中院开庭审理了方是民与崔永元名誉权纠纷抗诉一案。最后，抗诉双方均表示坚持抗诉意见，不同意调解。本案未当庭宣判；12月25日上午，北京一中院对该案进行了公开宣判，驳回双方抗诉，维持了一审判决。

2015年12月30日，方舟子被央视记者王志安在网上实名曝光其伙同律师涉嫌“诈欺”网友钱财，方舟子律师彭剑却从中贪污挪用买车买房。